1942年、ミッドウェイ戦で正規空母四隻を失い、続くソロモン海戦においても多数の艦艇を失った日本軍は、ガダルカナル島の陸軍の敗退も相まって、窮地に追い詰められつつあった。勢いに乗る米軍はガルヴァナック作戦を発動。中部太平洋でそれを迎え撃つ日本軍の敗戦は島嶼でも続き、戦局はさらに悪化していった。そんな折、海軍軍令部第三課(軍備・兵器担当)でひそかに進められていた秘策は生物兵器を用いた反攻作戦。それは爆雷を背負わせた海棲哺乳類を敵艦に特攻させるというものだった。軍上層部の了承を得た作戦は「マルゲイ」という符号を与えられ実現に動き出す。菊水部隊と命名されギルバート諸島に出撃した秘密艦隊は、タラワに攻め寄せる米海兵隊撃滅に成功。決戦の地をマリアナ沖に定めた連合艦隊は菊水部隊と共同し、米機動部隊との総力戦に挑んだ。書下ろし長編戦記シミュレーション。

新造空母大鳳を旗艦とする第一機動艦隊と菊水部隊は、メガロドン(巨大ザメ)の出現という僥倖にも助けられマリアナ決戦に勝利。アメリカの太平洋侵攻作戦を中断に追い込んだ。だが米軍はマリアナ海戦での敗因を分析し、爆雷イルカの攻撃を阻止する対抗策を案出。1944年2月、艦隊を再編した米太平洋艦隊は、再びサイパン・グアム攻略に乗り出す。菊水部隊の攻撃を防いだアメリカ軍はマリアナに殺到。激しい航空戦の末、ついに両軍は戦艦同士の打撃戦に突入した。だが大和、武蔵とアイオワ級戦艦三隻の激闘は痛み分けに終わり、結局マリアナは陥落してしまう。敵が次に狙うのは硫黄島と沖縄。後がなくなった日本は本土決戦を覚悟する。だがそんな中、軍令部の黒島少将は、秘かに独自の反攻作戦を発案。菊水部隊を利用した前代未聞の奇策で、アメリカ侵攻軍を撃滅すべく動き出した。