母親の入院で、しばらくの間、田舎の親戚の家に世話になることになった小学６年生の水内洵と５歳の妹・沙菜。姉妹が訪れたその家は、地元の人たちが「風の館」と呼ぶ大なお屋敷だった。
突然、台風のような激しい風が部屋に吹き込んでくるなどの不思議な現象にとまどいながらも、どうにか館での暮らしに慣れてきたある夜、洵の前に少年の幽霊があらわれる。
その翌日、それまで洵と会うことを拒んでいた館主の主、風間琴音が洵たちを自室に招き入れる――。

父を早くに亡くし、母が過労で入院してしまったため、親戚の「風間家」で過ごすことになった水内洵と妹の沙菜。二人の姉妹が訪れたその家は、地元の人たちが「風の館」と呼ぶ古くて大きな日本家屋だった。風にのって聞こえる笑い声、「風間洵吾」という幽霊、二本足で立ち、しゃべる猫たち……。日がたつにつれて、館の謎は深まるばかりだった。
　そんなある日、妹の沙菜の姿が見あたらなくなる。風間家の長男・千夏と一緒に母屋を捜索する洵。納戸の奥へと続く隠し階段を下っていくと、その先は幽霊の洵吾と出会った和室につながっていた。そして、とまどう二人の前に、「風の館」の主・琴音と沙菜が現れた。安堵した洵は、沙菜が納戸でなくしたという髪留めを取りに引き返す。
　しかし、そこで待っていたのは、動きだして洵に襲いかかる鎧武者！　驚きと恐怖で逃げだした洵は、足を滑らせ階段を転げ落ちてしまう……。

地元の人たちが「風の館」と呼ぶ屋敷で、洵は幽霊の洵吾をはじめ、二本足で立ってしゃべる猫、意地悪なカラス、動く鎧武者など、奇妙なものたちに出会い、不思議な体験をする。
この館には二つの世界が重なっていて、彼らはもう一つの世界の住人なのだ。そして二つの世界を行き来できるのは、風と洵だけなのだという。
年末のある日、洵は町で顔のない男に出会う。さらに、行方不明だった千夏の父・千昭が１０年ぶりに風間家に帰ってきて、「風の館」に不穏な空気が流れはじめる。