上条当麻が目覚めた場所は『暗闇の密室』だった。彼をそこに送り込んだのは、土御門元春。学園都市に潜入した敵性魔術師が、霊装で学園の壊滅を狙っているらしい。　大規模術式発動阻止の『使命』を受けた上条は、残り数時間で『暗闇の密室』から抜け出した!!　――のだが、目の前に広がったのは、名門お嬢様女子校の更衣室で……。　ド変態の烙印を押され、女学生たちから追われる中、必死で霊装探索を行う。　御坂美琴にも発見され、ついにチェックメイトかと思われたその瞬間……“幸運”にも、救いの手がさしのべられた。　常盤台中学、第五位の超能力者『心理掌握』の食蜂操祈。　この出会いは、偶然の産物か、それとも『何者か』による必然の産物か――。　科学と魔術が交差するとき、物語は始まる！

全世界を、陰から操る『グレムリン』。その科学と魔術の融合組織が起こした様々な『脅威』——ハワイでのテロ行為、バゲージシティでの『実験』、学園都市に眠る『不死の存在』の奪取——には、全て理由があった。　『グングニル』。　魔神オティヌスの最終目的であるその神槍製造を止めるため、『魔神になり損ねた男』オッレルスは、姿形を雷神トールと偽り、『グレムリン』の本拠地・サルガッソーへ侵入、調査を開始する。　世界崩壊のカウントダウンは、間近に迫っていた。　ところで一方の上条当麻なのだが、彼が朝自宅で目覚めたら、幼い少女にエロい少女が同じ布団に入っていた。　うーんやっぱそうだよな！　世界の危機が迫っていても上条サンはそうだよな！　な第８巻登場！

オティヌスの支配は、成就した。　闘いの舞台であるグレムリンの本拠地、東京湾上に浮かぶ『船の墓場』は消失した。それどころか、世界そのものも消えて無くなった。共に来たインデックスも、御坂美琴も、レッサーやバードウェイ達も当然消えた。　統一された闇の空間。黒一色のそこに、上条当麻だけが残されていた。その理由は、ただ一つ。世界の基準点であり修復点でもある『右手』を持つからだった。　神と成ったオティヌスにとって、上条当麻はすでに微塵も興味の無い存在となっていた。いつものように、ここから彼の逆転劇が始まる可能性は、全くない。　ここはそういう『世界』だった。　そして。　そして。　そして。　これは、上条当麻の心を挫く物語。