コーディが９か月ぶりにバークレーへ帰ってきた！　ふたたび５人がそろった「暗号クラブ」のメンバーは、全員で夏休みの「スパイ養成講座」に参加することに。
スパイ養成講座では、本物のFBI捜査官が、変装、尾行、暗号解読などのスパイ技術を指導してくれる。いつも暗号クラブのじゃまをする〈おジャマじゃマット〉や、金髪青い目の美人姉妹がしかけてくる嫌がらせが気になりつつも、スパイの「仕事」の奥深さにどんどん引きこまれていく暗号クラブのメンバーたち。そして、いよいよスパイ講座の最終日。コーディたちは、敵のスパイに扮した人物を尾行し、盗まれた機密情報を取りかえす、という修了テストに挑戦する。コーディたちはあやしい人物を見つけ、ひそかに尾行して秘密の情報をゲットするが、なんとそれは、本物の産業スパイが盗みだした、数億ドル規模の機密情報だった!!　さらに、チームワークが乱れたところを敵のスパイに感づかれ、おジャマじゃマットが誘拐されてしまって大ピンチに！　はたして暗号クラブの５人は、プロのスパイからマットを救出することができるのか!?　
――実在する都市、大学、組織を舞台に、リアルなスパイの仕事がわかる体験型なぞ解きミステリー。パワーアップして新たにスタート！　大人が読んでもおもしろい!!

楽しかった夏休みが終わり、コーディたちスパイ暗号クラブのメンバー、おジャマじゃマット、テキサスから引っこしてきた双子たちは、そろって中学生になった。
バークレー中学には、新しい先生ミス・ブレッチリーが着任していた。彼女はジャーナリズムの先生だ。コーディはその先生のもとで、事件の調査と報道について学ぶことになった。
そんなある日、コーディたちのもとに暗号の手紙が送られてくる。内容は「学校の経費が何者かに盗まれている」という告発だった。
スパイ暗号クラブのメンバーは、さっそく学校内で調査を開始するが、やがて事件は、FBIが潜入調査に乗りだすほどの大事件であることがわかってくる。
はたして、犯人は誰なのか？　そして、コーディに告発の手紙を送ったのは誰なのか？　そしてその目的とは――!?