ごくごく平凡な男子高校生、國友はるか（くにともはるか）。
日本の女子高生にも人気の世界的スポーツ「銃道」で、No.1 を目指す「宮本エリーナ」と「毛利さや」は、自分たちの学校に「銃道部」を設立したいと考えていた。そんな２人の行動に、はるかは自分の意思とは関係なく次々に巻き込まれてしまう……。ところが、銃道と彼女たちには、とんでもない秘密が隠されていたのだった。伝説の銃を巡る青春バトルストーリーの始まり！

いよいよ復活することになった、聖フロンティア学院の銃道部。校長の毛利みゆは、エリーナたちを引き連れて集中できる場所で特訓を行うべく都会から少し離れた山奥へ！　サバイバル的な特訓も入り、かなりキツイ合宿生活を送るメンバーだったが、無事にすべての課題をこなしてご褒美の夏祭りへ。ところがそこで宿敵、佐々木三姉妹の三女・佐々木舞衣に出会ってしまったり、正体不明の魔女まで登場して、せっかくの最後の夜が大パニックに……。銃バトルも恋も熱い展開が始まるぜ！

地獄（?）の合宿を乗り越え、國友はるかが所属する聖フロンティア学院の銃道部は、いよいよ高校地区大会を迎える。だが、もう一歩で勝利か、というところで試合相手の紫陽花高校チームの女の子たちが「武装銃」というバトルスーツのような物を身にまとい、襲いかかろうとする。委員長の毛利さやと宮本エリーナは「神封器」で変身して戦おうとするが、佐々木三姉妹の長女・舞美子が乱入してきて、事態はもう混戦状態に！ そして、國友はるかは知ることになる。自分にまつわる過去と能力を……。先祖にまつわる因縁と自分たちが倒すべき、本当の敵の正体を……。