横浜で催される 『全国高校生魔法学論文コンペティション』。この魔法科高校生徒達の晴れ舞台に、突如謎の武装集団が侵入した。彼らの正体は、『大陸』 からやってきた大亜連合軍の魔法師とその機動兵器群。目的のためには市民殺害も厭わない武装軍によって大混乱に陥る中、司波達也は生徒会メンバーと共に次の行動を模索する。　同時刻。コンペ会場に、最新鋭魔法技術武装集団、国防陸軍第一〇一旅団独立魔装大隊が現れる。驚く真由美や克人を尻目に、劣等生・達也は大隊より、戦場の最前線へと向かうよう 『上官からの命令』 を受ける。訝しむ魔法科生徒達の中、「お兄様。ご存分に」「征ってくる」　深雪との 『儀式』 を終えた達也は、ついに、恐るべき“禁断の力”を解放する。

今から三年前。司波深雪にとって、忘れられない 『出来事』 があった。それから、深雪は変わった。兄との関係も。兄に向ける、彼女の心も ──。　中学一年生の司波深雪は、自分の兄が苦手だった。一体何を考えているのか分からないから。家族でありながら使用人同然の扱いを受けているにもかかわらず……全く意に介さない。兄と目が合えば、深雪の口からは、不機嫌な声が出てしまう。　そんな妹に、『ガーディアン』 として完璧に付き従う兄。そこには一切の油断もミスも無い。そして、一切の 『感情』 も。　理不尽だとは分かっていても、深雪は兄に苛立ちをぶつけることしか出来なかった。自分の、ただの我が侭だと分かっていても。　今とは全く異なる、達也と深雪の関係と、その心の中 ──。三年前、沖縄で起きた 『出来事』 によって、二人の心と、その運命が、大きく変わっていく。

司波兄妹にとって波乱続きだった西暦二〇九五年もあと一月。　そしてこの十二月にも、彼らが通う魔法科高校に 『激動』 はやってきた──。　深雪のクラスメイトである北山雫が、USNA（北アメリカ大陸合衆国）に留学することになった。この時代、ハイレベルの魔法師は、遺伝子の流出＝軍事資源の流出を避ける為に、政府によって海外渡航を制限（禁止）されている。にもかかわらず許可された理由、それは 『交換留学』 だからだ。　アンジェリーナ＝クドウ＝シールズ。　雫がアメリカに渡り、入れ替わりで魔法科高校に入学したのは、金髪碧眼の留学生。 「司波深雪に劣らぬ美貌」 と称される美少女、通称リーナだった。　彼女を見た達也は、瞬時にその 『正体』 に気づく。　リーナの本当の姿、それは大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師 「十三使徒」 の一人、USNAの魔法師部隊 『スターズ』 総隊長、アンジー・シリウス少佐。　魔法科高校にやってきた米軍最強の魔法師という 『火の粉』 を、司波達也はどう振り払うのか ──。