西暦二〇九五年十二月。雫との『交換留学生』として、USNA（北アメリカ大陸合衆国）からリーナが魔法科高校にやってきた。達也は、彼女が大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師「十三使徒」の一人であることを瞬時に見抜く。そして、同じ時期に東京で発生した『吸血鬼』事件――魔法師の血液を抜き取る連続傷害事件との関わりを探るのだった。　『吸血鬼』事件の全容は次第に明らかになりつつあった。達也のヒントと幹比古の古式魔法によって、『吸血鬼』の正体が『パラサイト』と呼ばれる『魔性』であることを突き止める。　しかし、別次元から意図せず招かれたその『来訪者』は、ついに魔法科高校に襲来した。その『吸血鬼』の正体（宿主）は、意外な人物で――！

ＵＳＮＡの最強魔法師部隊『スターズ』総隊長、アンジー・シリウス少佐こと、魔法科高校交換留学生・リーナ。彼女の訪日と同時期に発生した『吸血鬼（パラサイト）』事件は、彼らによる魔法科高校の襲撃、達也によるその撃退という結末で幕を閉じた。　しかし『パラサイト』本体は『宿主』から抜け出しこの世界を漂い続け、そして次の宿主を見つけ出した。　ヒューマノイド型ホームペルパーロボット。　付近にいた光井ほのかのパターンをコピーしたパラサイト＝ピクシーは、その生まれから、達也に付き従うことを決める。　ピクシーからの情報により、『パラサイト』をより深く理解した達也は、深雪らを連れ、残りの『パラサイト』を退治すべく、夜の青山霊園へと赴く。しかしその行動は、さらなる暗躍勢力をあぶり出す結果となり――。　『最強の魔法師』と別次元からの『来訪者』を巡る激突は、魔法科高校を舞台に最終決戦を迎える！

西暦二〇九六年四月。司波達也と深雪は二年生に進級した。今までの目覚ましい活躍と実績が考慮され、今年度から新設された魔法工学科コースの生徒となった達也は、深雪の意向で彼女と同じく生徒会副会長にも抜擢される。　今年こそ、深雪と共に平穏な学校生活を……と考えていた達也だったが、『新入生』たちはそれを許さなかった。　七宝琢磨。入試成績トップとして、今年度の新入生総代を務めた『エリート』で、十師族の脇を固める師補十八家の一つ『七宝家』の長男。　七草香澄、七草泉美。十師族のひとつ『七草家』の長女・七草真由美の双子の妹たち。　同じの数字を持つ『ナンバーズ』の三人が、魔法科高校で波乱を巻き起こし――。新展開突入！