南沙諸島をめぐり交戦状態に入った中国と米国。空母海南龍のスホーイ３３とインデペンデンスのF-１４トムキャットが激しい空戦を展開する戦場に、米国政府はさらに空母カール・ビンソンとユナイテッド・ステーツの投入を決断。日本政府は、中国国家主席との密約に従い、深手を負った空母信濃にカール・ビンソン阻止の命令を下す。ベンガル湾で対峙する日米原子力空母。米軍側は４２時間後の総攻撃を通告するが……。新時代の世界構想をかけ、アジアと米国の空母機動部隊が激突する！

米海軍機動部隊との死闘から四カ月後、再び原子力空母「信濃」に出撃命令が！　だが、今回の軍事行動は、先の戦闘で米国に屈した日本政府の対米賠償に他ならなかった。中国によって突然の国有化を宣言された南沙諸島の石油掘削リグとその権益海面を防衛すべく、米国政府が日本空母の出動を要求したのだ。新たに電子戦機ＥＦ４Ｓ「サンダーファントム」を搭載、イージス艦「こんごう」を随伴した信濃は、中国海空軍の大部隊が待ち受ける南シナ海へと、再び錨を上げたのである。

ロシアより大型正規空母一隻とキエフ級空母二隻を購入、さらに艦載機として最新鋭のスホーイ27を多数配備し、強力な外洋艦隊に変貌した中国海軍。膨大な埋蔵原油の権益をめぐり日米中の政治的思惑が交錯するなか、日中両軍はついに激突。陸上基地からは対艦ミサイル装備の爆撃機が、海中からは通常型潜水艦が日本空母に殺到する。中国軍の波状攻撃に、原子炉の不調を抱え苦闘する「信濃」。しかも中国空母「海南龍」とその航空隊には、日本側が予想もしなかった強大な支援が……。