昭和16年12月、真珠湾攻撃によって米太平洋艦隊の主力を壊滅させた日本は、直後ウェーキ島とグァム島を攻略、占領に成功した。太平洋の支配力において劣勢に立たされた米軍だが、大統領に反撃作戦の立案を厳命された海軍のキング作戦部長は、陸海軍の作戦参謀からヒントを得てある奇策を思いつく。それは、空母から陸軍の長距離爆撃機を発進させ、日本本土を奇襲爆撃するという作戦だった。一方、脆弱な本土東方海域の防衛に危惧を抱く山本五十六聯合艦隊長官は、徴用漁船だけで編成されていた監視隊・黒潮部隊の増強を指示。第二戦隊の戦艦四隻を配備すると同時に、インド洋作戦に向かう南雲機動部隊から『飛龍』『蒼龍』を分派し、強力な警戒線構築に乗り出す。逆転を目指し暗躍する米軍と敵空母部隊の殲滅を目論む日本。蒼天に忍び寄る暗雲のもと動き出した日米の壮大な戦略の行方は？

日米開戦から三カ月、連戦連勝で西太平洋を制圧した南雲機動部隊に対し、軍令部はインド洋の英国艦隊撃滅を命じた。だが、聯合艦隊司令長官・山本五十六はこの作戦に危惧を抱いていた。機動部隊が太平洋不在の間に、脆弱な防衛線を衝いて米空母部隊が東方から攻めてくる可能性は否定できないのだ。一方、二航司令長官・山口多聞少将はこの状況を逆手にとる作戦を発案。それはインド洋の戦いに注力しているように見せかけて米艦隊を誘き出し、これを待ち伏せするというものだった。かくして始まった英国東洋艦隊との激戦の最中、アメリカは動き出す。空母五隻、B25双発爆撃機七○機と、大幅に増強されたドゥーリットル隊がハワイを出撃したのだ。これを察知した聯合艦隊は山口少将に向けて、極秘作戦符号『撫子』を打電。符号を受信した二航戦・撫子部隊は、米艦隊を迎え撃つべく内地に向けて驀進を開始した！

インド洋の戦いで南雲機動部隊は英国東洋艦隊を撃ち破り、みごと山口多聞少将率いる撫子艦隊を陽動する役目を果たした。聯合艦隊の主力が太平洋にいないことを確認したニミッツ太平洋艦隊司令長官は、陸軍双発機による東京空襲――シャングリラ作戦を正式に発動。日本はハルゼー少将麾下五〇隻の大艦隊をハワイから誘き出すことに成功したのだ。敵艦隊はいつ来襲するのか？　内地で待ち受ける山本五十六聯合艦隊司令長官は東方海域を警戒する黒潮部隊をさらに増強し、決戦に備える。そして時ならぬ嵐の中、黒潮部隊はスプルーアンス少将の前衛部隊を発見。だが、そのときすでに、荒天をついて発艦した七〇機のドゥーリットル隊は帝都を目指していた――。敵艦隊を逃がすまじ！　横須賀を出撃した第一艦隊は撫子艦隊とともに米艦隊を包囲。ついに『大和の』巨砲が敵に向かって火を噴いた！　シリーズ完結編。