真綿で首を絞めるように香港の自由を奪った中国が、次に見据えるのは台湾だ。ある日、台湾領の東沙島が中国軍の奇襲を受ける。大艦隊が接近する中、台湾軍は必死の抵抗を続けることに……。そんな緊迫する台湾に偶然居合わせたのが《サイレント・コア》の魔女こと司馬光一佐。面倒を見ている娘のレストラン開店を祝っていたところ台湾、アメリカの関係者との秘密会談に引き込まれ、日本の軍事参加を迫られる。「尖閣を守りながらの二面作戦は無理！」とつっぱねるが、事態はますます予断を許さないものとなっていく。一方、中国へ一矢報いるため、凶悪な計画を携えた者たちも上海へ向かっていて……？
大石英司の新シリーズ、不穏にスタート!?

台湾と香港の中間に位置する東沙島への奇襲上陸を行った中国軍は、この島を占領するも残る台湾軍に手を焼いていた。そしてこの時、各国の外交団を乗せ上海へ航海中の豪華客船では、乗組員に偽装したウイグル人科学者が凶悪なウイルスを船内に持ち込み、中国へばらまく計画を立てていた。すんでのところで接岸は阻止されたが、船は日本へと向かいはじめる――。《サイレント・コア》にもある命が下った。ネイビー・シールズとともに潜水艦で東沙島へ向かえというのだ。土門陸将補は、海のスペシャリストであるフィッシュこと水野智雄一曹を派遣するが……。

「キスカ」作戦――人民解放軍が占領した東沙島から、二個中隊の兵を台湾と海上自衛隊の二隻の潜水艦に収容して脱出させる作戦に参加した《サイレント・コア》の水野智雄一曹は、落伍者の捜索で海上に取り残されてしまった。そこでネイビー・シールズ・チームのベテラン曹長の案で、ある行動に移ることに……。一方、その場を離れたそうりゅう型潜水艦十一番艦“おうりゅう”は、台湾海軍の潜水艦〝海龍〟を見守るが、前方には中国軍のフリゲイトの姿が。とうとう対潜ロケット二基が起動された時、“おうりゅう”は驚きの行動に出た。日本の潜水艦技術が中国を圧倒する！

東沙島を失ったものの、島から奇跡の脱出を成し遂げた海兵隊の帰還に沸く台湾。だがその裏では、速度が出ない台湾海軍の旧式潜水艦を護衛し、やむなく解放軍のフリゲイトを撃沈した海自潜水艦〝おうりゅう〟の働きがあった。しかし台湾側は〝おうりゅう〟を乗っ取るという暴挙に出て、台湾にいる司馬をいらつかせる。一方、《サイレント・コア》土門陸将補のもとには、ある不穏な一報が入った。尖閣に味方部隊が上陸したというのだ。探りをいれると、島に上陸したのは意外な部隊だとわかる。
日本、台湾兵士が上陸し、そして解放軍も艦隊を向けた尖閣での、三つ巴の戦いの行方は――!?

土門康平陸将補率いる《サイレント・コア》二個小隊が、ついに尖閣の地を踏んだ。時を同じくして、中国解放軍雷炎大佐らも、台湾陸軍のガーディアン・ヘリによる掃射をかいくぐり、エアクッション艇による上陸を果たした。その頃、東シナ海上空を飛ぶ航空自衛隊の戸河啓子二佐が、沖縄・嘉手納基地で米空軍が避難行動を開始したのを察知する。中国が沖縄本島に向けて数十発ものミサイルを発射したのだ。尖閣諸島と沖縄本島の中間に位置していたイージス艦隊は、辛くも撃墜に成功。しかし中国は、さらに十倍規模のミサイルによる飽和攻撃を仕掛けようとしていたのであった――。