伝説の魔法師・司波達也とその妹・深雪が卒業して一年。魔法科高校に二人の少女が入学する。
　十文字アリサと遠上茉莉花。
　幼少から本当の姉妹のように育てられてきたが、「とある」事情で二年前からアリサは魔法師の名家、十文字家に預けられていた。彼女たちは、第一高校に入学したことで久しぶりの再会を果たす。
　無邪気で無防備なアリサと茉莉花。
　魔法の勉強、部活、友情、青春、そして恋――たくさんのドキドキワクワクに胸踊らせながら、二人の魔法科高校での生活が幕を開ける！

　魔法科高校での生活に慣れてきたアリサと茉莉花。今度こそアリサと同じクラスになりたい茉莉花は、月に一度のクラス振り分けテストでその夢を叶えるべく、試験科目である魔法の特訓に挑み始める。
　一方アリサも入部したクラウド・ボール部の活動に力を入れる。いまだに勝利への闘争心は少ないが、楽しんで活動をしていた。
　そんなある日、クラウド・ボール部部長の初音から、三高との対抗戦が決まったことを告げられる。初の対外試合に戸惑うアリサの対戦相手は、魔法の名家、二十八家に連なる一色家の出身で――。
　魔法科高校の生徒たちの波乱な青春が繰り広げられる！

　九校戦を目前に控え、第一高校も熱気に包まれていた。アリサはクラウド・ボールの代表候補に選ばれる。自身の他人と競い合うことが苦手なことへの克服のきっかけになるのではないかと前向きに受け止めていた。
　マーシャル・マジック・アーツ部も定例の三高との交流試合に向けて練習に熱が入る。特に茉莉花は今回の交流試合に闘志を燃やしていた。絶対に倒したい相手がいるから。
　一条茜。十師族に連なる一条家の長女にして、女子マジック・アーツ界の超新星とも言われるエリート。最強のライバルとの負けられない戦いに茉莉花が挑む！

『九校戦』。そこでは毎年、全国から魔法科高校生たちが集い、熾烈な魔法勝負が繰り広げられる。
　大会六連覇がかかっている一高も熱気に包まれていた。新人戦クラウド・ボールの選手に選ばれたアリサも練習に余念がない。コンディションは万全。後は本番を迎えるのみだった。
　茉莉花も新人戦ミラージ・バットの選手候補に選ばれていた。候補は三人、出場できる選手は二人。栄誉ある九校戦に出場するためにしのぎを削っていた。
　もちろん、九校戦に熱を注いでいるのは一高だけではない。全国九つの魔法科高校が優勝という栄光を目指し、激突する！
　そして、いよいよ九校戦の幕が上がる――。

　白熱の九校戦が幕を閉じて充実感に浸るアリサたち。だが茉莉花にとって夏はまだ終わらない。全日本マーシャル・マジック・アーツ大会が目前に控えているからだ。
　宿命のライバル・一条茜への雪辱に燃える茉莉花は、更なるレベルアップのため、マジック・アーツ部の合宿に参加する。
　同行するアリサたちと特訓をしたり、川原で水遊びをしたりと楽しくも充実した日々を過ごす茉莉花だが、打倒・茜へあと一歩何かが足りずに悩む。
　そこに助っ人として現れたのは、第一高校伝説の卒業生・司波達也の友人だった、千葉エリカと西城レオンハルトで――。