続・魔法科高校の劣等生　メイジアン・カンパニー

　サンフランシスコ暴動は収まり、平静を取り戻した。達也は暴動を引き起こした魔法ギャラルホルンの対抗魔法の開発を急いでいた。
　一方、日本の政界の黒幕でも動きが。元老院四大老の一人、穂州実明日葉が、四葉家への粛清計画を進めていた。彼女らが自分の縄張りだと見なしていた富士山麓の遺跡を達也が無断で発掘したためだ。魔法を絶対的に無力化する異能を持つ、次期当主の富貴花を中心に四葉の隠れ里襲撃を企てる。
　絶体絶命の四葉家だが、達也のことを憎む分家の当主、黒羽貢がどうやら不穏な動きをしており……。

　サンフランシスコが一夜にして暴動に包まれる。FAIRのロッキー・ディーンが古代遺跡から入手した大規模魔法によって引き起こされたのだ。
　事態を重く見たスターズ総司令官のカノープスはこの状況を打破するために達也に助けを求める。時を同じくしてFEHRのレナ・フェールからも達也に協力の依頼が。
　魔法師の海外渡航は制限を受けるものだが、今回は四葉家の影のスポンサーでもある東道の同意も得ることができた達也。
　何故か国防軍も渡航に協力的で、出国の準備は整った。達也はまたUSNAへと渡り、サンフランシスコの危機に挑む！

　シャンバラ探索から帰国した達也たち。USNAに眠る大規模破壊魔法[天罰業火]を封印するため、再度旅立とうとする達也に対し四葉真夜は出国を許可しない。
　達也を国内に留まらせ、国内の抑止力としたい四葉家の裏のスポンサー東道青波の意向に沿うためだ。達也としても東道との契約は無視できないものだった。
　世界情勢も大きく変わろうとしていた。IPUがチベットに出兵し、大亜連合に対して宣戦布告したのだ。日本国内でも動きがあり、軍部を中心に達也を文民監視団として派遣しようと画策していた。
　大亜連合でも引き続き達也の暗殺が企てられており、その足掛かりとして一条将輝に忍び寄る影が――。

　IPUのチューダクール湖で新たな遺物を見つけた達也たち。
　遺物を伝説の古代文明シャンバラへの『鍵』であると考える達也は、この白い石板と新たに見つけた青、黄色の石板の3つの『鍵』をヒントに、次なる目的地をIPU連邦魔法大学ウズベキスタン校舎に設定する。
　シャンバラの遺物、もしくはその手がかりを求めて魔法大学へ向かう達也たちだが、その背後に不穏な影が。
　遺物を狙う視線、そして達也たちへ幻覚魔法が襲いかかる。敵の正体は不明だが、激しい攻撃は確実にシャンバラへと近づいている証拠。
　そしてついに達也たちはシャンバラの遺物へとたどり着く――！

　USNAのシャスタ山から出土した『導師の石板』と『コンパス』。この二つの道具はともに、古代の高度魔法文明都市・シャンバラへの道を示すものではないかと考える達也は、光宣にコンパスを預け、観測を依頼する。
　調査の結果、シャンバラの遺跡が中央アジアにあるのではと考えた達也は、メイジアン・ソサエティとFEHRの提携書署名式のためにインド・ペルシア連邦へと向かう。
　一方、警察からの強制捜査を逃れたFAIRのリーダー、ロッキー・ディーンのもとにある男が訪ねてくる。その人物は大亜連合の特殊工作部隊『八仙』の一人だと名乗っており……。