サイレントウィッチーズ　スオムスいらん子中隊ReBOOT！

　激闘の末、ハルカとチュインニを救出した「いらん子中隊」にカウハバ移転の指令が下る。
「皆さん、ここで我々はウィッチの教育にあたります！」前戦から退いたと気が休まったのも束の間、突如エルマから訓練生の指導を命じられる智子達。
しかし、ラウラ・ニッシネンら訓練生達の期待とは裏腹にイカサマや盗みといった破天荒な授業内容が繰り広げられる！　
　そんな新たな日常を過ごすいらん子達の下に空軍部隊の雄、第２４戦隊がスオムス中央空域で連絡が途絶えたとの報が届く。
捜索隊として現場に向かう智子とビューリングであったが「智子、見たか？あいつは……」驚くべき敵と遭遇して！？

　歩行戦車型ネウロイとの戦いに勝利した「いらん子中隊」だったが、先の戦いで謎の人型ネウロイと応戦したハルカの様子に異変が——。
「お前への態度が変わったな」智子に熱烈なアプローチをすることが無くなったハルカを訝しむビューリングであったが、時を同じくしてラドガ湖にネウロイの機影が確認された。
緊急出撃で戦地に向かう智子達であったが、かつてないネウロイの攻勢によりエルマが負傷し、更にハルカが人型ネウロイに連れ去られてしまい!?
「私と皆なら、できないことなんてない！ハルカを救い出すわよ!」
仲間を救う為、中隊長となった智子が激戦の空を飛翔する。待望の新編、ここに開幕！

　正体不明の黒色ネウロイを退けた智子達の元に新たな脅威が迫り来る。
新種の歩行戦車型ネウロイに苦戦する「いらん子中隊」であったが、""カールスラント空軍""の英雄と謳われたルーデル大尉が合流し、一同打開策を模索するのであった。
　そんな中、ロマーニャより記憶喪失の補充兵・ジュゼッピーナ准尉が入隊することに。
「良かった……あなたに会えて」着任早々智子に熱視線を送り続ける新たなウィッチが、「いらん子中隊」に波乱を巻き起こして――。
　ハルカの嫉妬と羨望、そして魅惑の美少女ウィッチと智子の恋の行方が加速する!?　
　恋する「いらん子」達の再飛行録、新展開の第2幕！！

　――1939年。正体不明の敵「ネウロイ」による北欧侵攻に際し、各国よりウィッチと呼称される魔女達の派遣が決定される。　扶桑海事変で活躍し、国民的英雄となった穴拭智子は激戦区カールスラントでの活躍を夢見て胸を躍らせるがのだが、彼女の派遣先は最前線から遠く離れた辺境の国スオムスであった。「くっ、見てらっしゃい。目にもの見せてやるんだから！」傷心の智子は軍部を見返してやろうと一人奮起するが、左遷先であるこの地に集められた魔女は各国のはみ出し者ばかり。　"やる気"なし、"能力"なし、"根性"なし。「いらん子」と呼ばれた乙女達の世界を守る戦いが、いま始まる――。