文政五年、師走の江戸。如月家の次男、如月右京は、南町奉行所への初出仕の朝を迎えていた。二十六歳という見習い同心として遅すぎる始まりだが、それには、ある事情があった──。右京の兄、右門は、優秀な奉行所同心であったが、ふとしたことで事件に巻き込まれ、町民をかばって自らの命を失った。学者を志していた右京は、如月家のため、兄の跡を継いで同心となる。　非凡な推理力と、長崎で学んだ西洋剣術の腕で、見習いながらも次々と手柄を立てていく右京。しかし、その心の奥底には、同心という職務に対する疑問や不満、学者として身を立てたいという欲求が渦巻いていた……。

蘭学者を目指していた如月右京は、名同心であった亡き兄の遺志を継ぎ、南町奉行所の見習い同心となった。経験もなく、探索の腕も未熟な右京であるが、ほかの同心にはない特殊な才能があった。常識にとらわれず事件の真実を見抜く明晰な頭脳と、長崎留学で習い覚え、達人の域にまで達した西洋剣術である。　文政六年の五月、浅草で幼い子どもが絞め殺されるという陰惨な事件が起きた。進展しない探索を嘲笑うかのように、少年殺しはその後も続く。無関係に見えた少年たちをつなぐ細い糸を探り当てた右京であったが、事件は予想もつかない展開を見せ始めた。　そして、右京の淡い恋心も、哀しき宿命に翻弄されていく……。

亡き兄の遺志を継ぎ、南町奉行所に勤め始めた如月右京は、経験の浅さを明晰な推理力で補う異色の見習い同心。豪傑だがどこか抜けている筆頭同心・佐々木信吾や、男装の美少女剣士・お美祢とともに、江戸に巻き起こるさまざまな謎を解決していく。　文政六年八月、初秋の江戸。仏壇屋から安物の観音像が盗まれるという事件が起きた。犯人の正体はもちろんのこと、なにより盗む目的がわからない。頭を悩ます右京の前で、なんと信吾に、出会い茶屋で発生した殺しの嫌疑がかかってしまった。信吾の無実を証明できる唯一の証人「幻の女」を捜し始める右京であったが……。

蘭学者になる夢を諦め、奉行所同心となった如月右京。二十六歳という、見習いとしてはいささか遅い始まりであったが、持ち前の明晰な頭脳と長崎仕込みの西洋剣術で、次々と手柄を立てていく。　文政六年、師走の江戸──。寒風吹きすさぶなか、柳原土手で夜鷹が殺されるという事件が起こる。下手人はおそらく侍。相手を一刀のもとに斬り捨てる、恐るべき腕前の辻斬りであった。　遅々として進まない夜鷹殺しの探索、そして十年ぶりに現れた大盗賊・蝮の庄兵衛の暗躍……。江戸を駆け回る右京の労苦をよそに、右京の小者を務める美少女剣士・お美祢は、生まれてはじめての恋を覚える。その裏に秘められた、哀しみの意味さえ知らずに……。