昭和16年12月、日本はアメリカが提示したハル・ノートを受諾し、大陸から撤退する。日米開戦は回避されたが、日本は経済環境の悪化から、ドイツに空母二隻を売却するなどして外貨を得ていた。
一方、アメリカは空母売却を口実に日本へ宣戦し、ヨーロッパを席巻していたドイツ戦に挑もうと考えいた。
そして昭和19年3月2日、米特殊潜水艦の横須賀奇襲によって戦いの火蓋が切られる。
硫黄島南方では日米主力艦が衝突し、戦艦「大和」が大破。惨敗を喫し海上兵力を失った日本は、米軍を本土で迎え撃つことを選択し、上陸が予想される九州の要塞化を進めるのだが……。
死闘必至の日本本土決戦が、ついに勃発する！

昭和19年3月、米軍の奇襲により始まった日米戦。
日本は硫黄島沖で米主力艦と激突し壊滅的な被害を被ってしまう。
海軍兵力を失った日本は、米軍を本土で迎え撃つことを決断。
急遽、九州各地で要塞化が進む。
そんな中、海上を埋め尽くすほどの米艦隊による未曾有の一大上陸作戦が始まった。
日本陸海軍も特殊潜航艇『海燕』や新型戦闘機、さらに精強近衛師団による水際迎撃作戦で善戦するも、数にまさる米軍に徐々に押し込まれていく。
そんな時、戦略物資や新兵器を満載した遣独艦隊がジャワ近海で発見されてしまう。
日本海軍は、本土決戦に必要な決戦兵器を手にするため、唯一の機動兵力となった第一航空艦隊を救出に向かわせるのだが……。

日本との開戦を口実に、ドイツに宣戦し世界の覇権を握ろうと考えていたアメリカ。圧倒的な戦力で連合艦隊を撃破された日本は、九州を要塞化し本土決戦を決意する。
同時に、ドイツなどから兵器や技術を輸入し戦力の向上を企図するも、昭和19年秋ごろには九州平野部のほとんどを米軍に占領されてしまう。
さらに勢力拡大を続ける米軍は奪取した九州の飛行場を基地化し、戦略爆撃を開始する。
九州陥落、本土への空襲で日本を追い込むも終わらない対日戦争。マッカーサー率いる部隊は最後の決着をつけるべく、ついに関東上陸作戦を始動する。
相模湾、九十九里浜沖に迫り来る米大艦隊群に、徹底抗戦の構えで立ち向かう日本陸海軍がとった作戦とは……!?