突如現れたドラゴンと総称される怪物たちにより、世界は一変した――。やがて人間の中に、ドラゴンの力を持った“Ｄ”と呼ばれる異能の少女たちが生まれる。存在を秘匿された唯一の男の“Ｄ”である少年・物部悠は、“Ｄ”の少女たちが集まる学園・ミッドガルに強制的に放り込まれ、学園生の少女イリスの裸を見てしまう。さらに生き別れの妹・深月と再会した悠は、この学園に入学することになり……！？

“白”のリヴァイアサン撃退から約二週間。悠はうっかり妹の深月の裸を見てしまったりしつつ、つかの間の日常を過ごしていた。そんな中、悠たちのもとに、新たなドラゴン――“赤”のバジリスクが動き出したという情報が入る。一方、時を同じくして、学園に二人の少女が転入してきた。そのうちの一人・ティアは、頭に二本の角を持ち、自らを人間ではなくドラゴンだと主張する。さらに彼女は、悠と結婚すると言い出して……！？

“赤”のバジリスクがいよいよ動き出した。視線により海を塩化させて侵攻するバジリスクに対して、無人の火山島を遮蔽物とした遠距離攻撃で撃退をはかる深月たち竜伐隊。だが、かつて深月が“紫”のクラーケンとともにその手で討った少女・篠宮都の存在をめぐり、深月とリーザの間にわずかな空隙が生じる。もう二度と届かないもの。今ここで育まれゆくもの。紅に染まった終末を越えて、それぞれの想いはどこへ向かうのか――！？

ユグドラシルとの契約。そして、代償としての記憶の喪失。それらの秘密を打ち明けられたイリスは、悠の記憶を取り戻すことを決意する。その時、姿をくらましていた災害指定の“Ｄ”の少女キーリが、フィリルの故郷・エルリア公国に姿を現した。保護を求める彼女のため、悠たちはエルリアへ向かう。舞踏会などひとときの異国の非日常を楽しむ悠たち。だがその前に現れたのは、魂を喰らう黄金の魔鳥――“黄”のフレスベルグで――。

フレスベルグ戦から帰還した悠たちは、学園祭を開くことになった。盛り上がるクラスの中、リーザはどこか浮かない様子。どうやら両親に婚約者を決めさせられるのが憂鬱らしい。そして、悠はリーザの両親の前で恋人役を演じることになる。だがそこに、悠の記憶の鍵を握るドラゴン、“緑”のユグドラシル消滅の情報が入り――!?　アンリミテッド学園バトルアクション第五弾！