生後まもなく心臓手術を受けて命を救われ、物心ついてから手術の模様をビデオで観たことで小児外科医になることを決心した少年・西條命。医療への多大な関心と生まれ持った次元変換能力によって、命は研究者さながらの知識を吸収していた。自分の手術を執刀した神道先生を心から慕う命は、たびたび先生のもとを訪れていたが、そのあと友人と小舟で釣りに出たことで大きなトラブルに見舞われて…

居眠り運転の車にひかれそうになった子供を見て、ためらわずに飛び込んだ命。幸い2人にケガひとつなく、一部始終を見ていた瀬名がその勇気をたたえると、命は「何もできなかった時の方が何倍も怖い」と笑顔で返す。その言葉に突き動かされた瀬名は、一度は諦めかけた小児外科志望に戻り、命の下で働こうと決意する

ついに迎えた、命による胃からのNOTES手術。世界初となる手術だけあって、理事長以下大勢の見学者が詰めかける中、命を敵視している副院長がなぜか若手医師への解説役を買って出てきた。そのことを危は「何か欠点に気づいたのでは」と心配するが、命は全く気にする様子もなく手術を開始する。序盤は特に問題なく手術が進み、副院長も命の技量を褒めちぎっていたが…？

西條を意識して慣れない小児心臓手術に臨み、動脈管を傷つける重大ミスを犯してしまった波賀。これを見た命は直ちに救命措置を行い、無事にトラブルを克服して手術も成功させるが、危は「患者は無事でも、俺たちも無事かどうかは…」と不安がる。実は、命が行った措置はイレギュラーな方法で、執刀医の波賀が事実を曲げて報告すれば問題視されかねない行動で…

冠動脈手術を受けるため入院した命の交代要員として、副院長が送りこんだのは、自身と危の妹・桐生棗だった。棗は副院長、危どちらとの兄妹仲も悪くなく、腕利きの外科医でもあるため、特に問題ない人選に思われたが、危は棗のある性格に不安を感じていた。それは「手術が下手くそなヤツは外科医として殺す」というほどの、手術技術への異常なこだわりで…