2002(平成14)年4月―。構造改革を唱える小泉健太郎総理が靖国神社で突如、行方不明になった!?極秘に捜索が進められるが、一人息子、小泉夏彦のもとに2020年の日本から来たという理化学研究所員・寺崎保が訪れる。彼が言うには小泉総理は1941年12月にタイムスリップしてしまったのだという…。1941年12月4日。真珠湾奇襲を画策する連合艦隊司令長官・山本五十六は、季節外れの台風のため足止めを余儀なくされていた。憲兵隊の用意してくれた車で旗艦『長門』に向かう山本を、アメリカ領事館の刺客が襲う。長官の運命は!?一方、在フィリピンの極東軍司令官マッカーサーは、ルーズベルト大統領に日本本土の奇襲を提案する。将軍たちは反対したが、ルーズベルトは、日本海軍の脅威を重大視して呉軍港の奇襲を許可する。お互いに奇襲を狙う日米は、どちらが先手をとるのか!?ロマンの復活を目ざす草薙圭一郎が活写する、胸躍らされる超弩級スペクタクル架空戦記シリーズ第三弾、いよいよ開始。

2030年、アメリカの映画の都ハリウッドで、日本の衆議院議員が飛び降り自殺をした。その原因は!?それから数日後、東京のアメリカ大使館に横須賀の高校教師がトラックに爆発物を積んで特攻自爆テロを図った。急速に日本全国に広がりつつある反米運動は、いったい何を意味するのか!?時の総理大臣山際勇作は、時空省に歴史の歪みの調査を依頼した。一方、太平洋戦争時代にタイム・スリップした平成の総理大臣小泉健太郎は、なんと東条英機に憑依し連合艦隊司令長官・山本五十六と意見をかわし、日本の運命を変えようとする。東条英機こと、小泉健太郎の要請で、当時下野していた石原莞爾は、中国国民党軍を率いる蒋介石総統に、日米講話の仲介を頼むため特使として重慶郊外の荒野に百式司令部偵察機で向かうが…。戦記シミュレーションの巨匠、草薙圭一郎がロマンの復活を目指し、夢と想像力を駆使して活写する超弩級スペクタクル「時空第3シリーズ」早くも佳境へ突入。

太平洋戦争時代にタイムスリップしてしまった平成の総理大臣小泉健太郎は、東条英機に憑依して、なんとか日米和平交渉にこぎつけたが、アメリカ本土では、日系人による不可解な暴動が相次いでいた。それは陸軍のマーシャル参謀総長たちの陰謀だった。そんなさなか、日米講和を推進するルーズベルト大統領が急死する。連合艦隊司令長官山本五十六は、日米講和条約調印式のためサンフランシスコに到着したが、彼を迎えたトルーマン新大統領は、驚天動地の謀略を図った。ヨーロッパではヒトラーが暗殺され、国際政治は風雲急を告げる。東条総理はハワイ返還を決定し、日本占領軍の撤収を開始させたが、万全の準備を整えたアメリカ海軍の大艦隊がそのハワイを襲う。休戦条約は破られ、日米は第二次太平洋戦争に突入する。果たして小泉健太郎と時空戦艦『やまと』の運命は!?戦記シミュレーションの巨匠、草薙圭一郎が夢と想像力を駆使して活写する超弩級スペクタクル。

2002年から太平洋戦争にタイムスリップして東条英機に乗り移ってしまった平成の総理・小泉健太郎を連れもどすため、一人息子の夏彦は時空戦艦『やまと』に乗って追ってきた。1943年夏、小泉夏彦は、理化研技師の寺崎保とともに満州北部のレーダー施設視察に向かっていた。途中、大連駅で偶然、映画スターの長谷川一夫に出くわし、彼の危機を救うことになる。長谷川一夫は『満映』で李香蘭と共演して大作『成吉思汗』を撮影することになっていた。新京駅で、川島芳子に会った夏彦は、一緒に『満映』に行くことになった。当時『満映』は、理事長の甘粕正彦の指導のもと、夢の映画撮影所として活況を呈していた。一方、アメリカは着々とオーストラリアからの日本侵攻の準備を進めながら、原子爆弾の開発を進めていた。この情報をつかんだ『やまと』の竜崎長官は、独自の作戦行動をとることを決断した。戦記シミュレーションの魔術師、草薙圭一郎が自由自在に夢と想像力を飛翔させて活写する超弩級スペクタクル、いよいよ佳境へ。

珊瑚海で圧勝した南雲忠一中将率いる第一機動部隊に対して、アメリカはB29に搭載した原子爆弾で対抗してきた。幸い日本艦船は被害をまぬがれたが、豪州艦隊は壊滅し、鉄壁だったはずの連合軍に亀裂が生じはじめる。一方、はるばるシルクロードを越えてやってきたロンメル戦車軍団は、ソ連軍と呼応して怒涛のように満州になだれこみ、甘粕正彦が理事長を務める満映撮影所も灰燼と帰し、東洋のマタハリこと川島芳子は、映画『成吉思汗』のフィルムを持って新京を脱出する。他方、破竹の勢いで北海道に侵攻してきたアメリカ軍に対し、遂に『やまと』は攻撃を開始した。太平洋戦争にタイムスリップし、東条英機に憑依した平成の総理・小泉健太郎の運命は!?父を追って『やまと』に乗りこんだ小泉夏彦は無事、父を連れて帰ることができるのか!?交錯する人の熱い想いが渦巻く中、時空戦艦『やまと』は戦いつづける。鬼才、草薙圭一郎が活写する太平洋戦争シミュレーション絵巻、いよいよ凄絶な戦闘に突入。