お生憎さま！　私、くのいち令嬢です！

「大きくなったら、くのいちになって、侯爵家当主になったヒルのお庭番をするの！」
「待って待って、お庭番も素敵だけど、お嫁さんも素敵でしょう？」
小さな祠で巻物を見つけ、目をキラキラと輝かせて宣言した小さな女の子に周囲の大人はたいそう驚いたが、慌てた母親に説得され、シノブこと、シノヴィア・ハトゥーリ伯爵令嬢は、大好きなヒルことヒーリスト・アンドゥーノ侯爵令息と婚約した。
シノブとヒルは大人たちに見つからないように、巻物に書かれている方法で忍者の修行を始めた。
18歳で王立学園の三年生になる頃には、実家の「影」たちをしのぐ人間離れした能力を身に着けていた。
シノブは学園で目立たないように過ごしていたはずなのに、帝国から留学してきた怪しげな学生に絡まれたり、謎の忍者もどき軍団に狙われたり……。
なんだかんだと二人は仲良く忍びとして活躍していくのだが、果たしてシノブは、凄腕のくのいちになれるのか――!?