船坂叶馬（ふなさかとうま）は、高校進学のための面談で担任教師から、少し変わった学校の推薦枠があるという話を持ちかけられた。そこは全寮制の国立高等学校。一般の学生募集は行っておらず、全て推薦のみという学校だった。学費が安く全寮制は渡りに船とばかりに入学する叶馬。しかし、そこは地下に広大なダンジョンを有し、学生は全てそのダンジョンを攻略するために集められた常識から逸脱した学園だった。叶馬は最初こそ戸惑ったが、仲間になった軽薄イケメンな小野寺誠一（おのでらせいいち）、内気でインドア派な芦屋静香（あしやしずか）、享楽主義者の薄野麻衣（すすきのまい）とともに、ダンジョンを攻略していく！

ダンジョン攻略を目的とした全寮制の学校『豊葦原学園』に通う船坂叶馬は、軽薄イケメンな小野寺誠一、内気でインドア派な芦屋静香、享楽主義者の薄野麻衣とパーティーを組んで、ダンジョンに潜むモンスターを倒し経験値を稼いで順調にレベルを上げていた。そんなある日、南郷沙姫という生徒から「私を仲間にして下さい」と、土下座でお願いされる。ちょうど追加要員が欲しいと考えていた誠一は賛成、静香と麻衣も「自分たちの女にする」ことを条件に沙姫をメンバーに。さらに、メンバーを増やし倶楽部を作ろうと、沙姫のルームメイトの雪ちゃん、神塚海春、神塚夏海姉妹を勧誘し、叶馬は順調にハーレムメンバーを増やしていく…。新感覚学園ダンジョンバトルストーリー第二弾登場！！

ダンジョン攻略を目的とした全寮制の学校『豊葦原学園』に通う船坂叶馬は、軽薄イケメンな小野寺誠一、内気でインドア派な芦屋静香、享楽主義者の薄野麻衣とともに新規倶楽部設立に動いていた。そんななか、柏木蜜柑を部長とする倶楽部『匠工房』のメンバーをいろいろな意味で助けているうちに、いつの間にか『匠工房』を吸収し新規倶楽部『神匠騎士団』を設立することに。しかも『匠工房』のメンバーは全員女子で、部室は女子寮の一角に決定！　叶馬のハーレムがますます拡大していく…。新感覚、学園ダンジョンバトルストーリー第三弾登場！！

『匠工房（アデプトワーカーズ）』の女子メンバーを吸収して『神匠騎士団（アデプトオーダーズ）』を発足させた船坂叶馬。順調に見えた学園性活だったが、生徒のパーソナルデータを記録している学生手帳の常時携行の義務をうっかり忘れ、ダンジョン実習の評価ゼロでレイドクエストの補習を受ける羽目に。同じく赤点だった柏木蜜柑（かしわぎみかん）以下元『匠工房』の面々と合流して、レイドクエスト『轟天の石榴山』に拠点を築き攻略を開始するも、なぜか『ハーレムクエスト』を全力で堪能してしまう叶馬だったが……。新感覚、学園ダンジョンバトルストーリー第四弾登場！！

船坂叶馬(ふなさかとうま)率いる倶楽部『神匠騎士団(アデプトオーダーズ) 』、倶楽部対抗戦では惜しくも途中で敗退したが、倶楽部はFランクからCランクに昇格、引き続きダンジョンアタックを続けて順調に成長していた。
そんななか、叶馬たちは未登録(アンノウン)のレイドクエストを発見する。
そこは、19世紀後半のアメリカ、捕鯨船により世界中の海で乱獲された鯨の怨念により産み出された祟り神がボスの『伝承(レジェンド)』カテゴリーの超級(ハイパーランク)レイドクエストだった！
新感覚、学園ダンジョンバトルストーリー第五弾登場！！