「生まれてすみません」――。
聞き覚えのあるフレーズとともに登場したのは、新任国語教師・太宰府治先生。
そんな太宰府先生が重要視するのが「読解力」。
全教科の成績を軒並みアップさせるという「読解力」を徹底的に伝授します。
カリスマ国語教師・林修先生も本人のまま登場する“国語集中”巻！

脳には「努力できる脳」と「努力できない脳」があるという。とある判定法によって、「努力できない脳」であることが判明した早瀬菜緒。東大目指しての猛勉強真っ最中の厳しすぎる宣告だった。しかし、そんな脳を騙して努力させられる方法があるという。多くの受験生にとっての“朗報”を手中にした早瀬は、同じく東大を目指す天野晃一郎とともにゴールデンウイークの合宿に挑む。その合宿は、前シリーズで猛烈すぎる勉強をこなし、見事現役合格を果たした水野直美が「鬼となって二人を徹底的に鍛える!」と宣言する「地獄の合宿」となる予定だった――。

大型連休中の勉強合宿に参加している東大専科の早瀬と天野。東大数学対策のため、小学校2年生の算数に戻って、数学を勉強し直すことになった。バカにされていると憤慨する天野だったが、東大合格、ひいては、その後の人生を生き抜くためにも必須の「数の暗黙知」を獲得する必要があるという。そんな時、合宿所に前シリーズで人気を博した伝説の数学教師・柳鉄之介が登場！ 「私は一番を目指さない若いヤツが大嫌いなんじゃっ！」と相変わらずの「スパルタ」な柳だったが、柳は秘伝中の秘伝である「数の暗黙知能力向上プリント」を持参。早瀬と天野の「数の暗黙知」を徹底的に鍛える腹づもりなのであった！

ゴールデンウィーク中の勉強合宿は佳境へ！　東大数学対策のため、小学校の算数から基礎固めを始めた早瀬と天野。問題を間違えるたびに貼られる「バカシール」や「ウンコシール」まみれになりながらも、やっと中学数学までたどり着く。そしてついに、伝説の数学教師・柳鉄之介から、中学数学の知識だけで東大入試問題をサクサク解く方法を伝授されるーー。そんな中、龍山学園理事長代行が学園を売却しようとする企みが明らかになり、学園改革を敢行している桜木は（めずらしく）苦境に陥った。

「地獄」の勉強合宿最終日！　数学を小学２年生まで遡るなど、ひたむきに勉強に取り組んだ結果、早瀬と天野は再びの「センター模試」で、それぞれ＋５１点、＋１３１点の大幅学力アップを遂げた。急成長する二人の次なる課題は「東大模試」、いよいよ本格的に東大へ向けて走り始めた。一方、桜木は崖っぷちに追い込まれていた。理事長代行が進める学園の売却話を制止できないまま、理事会が閉幕。対抗策として優秀な生徒たちを緊急招集した桜木。生徒たちによる猛烈なブーイング。売却を防ぐため生徒を巻き込んで行われた桜木の「秘策」とはーー。