虚無の世界の秘密を解き明かすため、旧〈ログナス王国〉の王都ウル＝シュカールの遺跡を訪れたレオニスたち。攫われたリーセリアと無事に再会をはたすものの、使徒ネファケスによって支配された〈機神〉――シュベルトライテが二人の前に立ちはだかる。苛烈な戦闘の最中、更なる戦乱を呼ぶがごとく、1000年前のレオニスと同じ姿をした〈不死者の魔王〉が乱入する。「なぜ、俺がここにいる……!?」一方、フィレットの魔手に囚われるエルフィーネ、〈獣王〉相手に奮闘するシャーリの残る〈第〇七戦術都市〉にも、それぞれの思惑を胸に各勢力が集結しようとしていた――！

〈魔剣計画〉の最終段階遂行のため、フィレットの魔手に囚われたエルフィーネ。決死の救出に向かうリーセリアたちだが、時すでに遅く、〈魔剣〉の闇に堕ちた彼女は虚無の裂け目に消えてしまう。一方、六英雄の〈龍神〉を倒したレオニスの前には血気盛んな〈獣王〉が現れ、安寧の地と思われた聖剣学院にも〈竜王〉と〈海王〉が押しかける。「ここは魔王荘か！」囚われのエルフィーネを救うため、蠢動する〈第〇四戦術都市〉へ向かう第十八小隊。そして、〈不死者の魔王〉との決戦に備え、レオニスはある決意をする。
「人類よ、俺が〈魔王〉だ――！」

「魔王戦艦〈エンディミオン〉、全速前進！」レオニス率いる魔王連合は〈竜王〉ヴェイラの圧倒的火力で〈ヴォイド〉を殲滅、〈不死者の魔王〉が待ち受ける〈次元城〉へ突貫する。一方、〈第〇四戦術都市〉でエルフィーネを救出したリーセリアは、脱出の最中、〈使徒〉ネファケスの襲撃を受けてしまう。窮地に陥ったその時、聞こえて来たのは、夢の中で聞いたあの声だった――。『――私はロゼリア。ずっと、この時を待っていた。わたしの魂を宿した者が目覚める時を』。謎の声に導かれ、リーセリアの魂は遙か一〇〇〇年の時を遡る。或る少年が〈勇者〉となった、運命の日へ。

レオニスと〈不死者の魔王〉との決戦は、リーセリアが与えた〈聖剣〉の力によって決着を迎えた。しかし〈不死者の魔王〉の消滅によって〈次元城〉は崩壊。その余波に巻き込まれ、レオニスたちは遠く離れた〈桜蘭〉の森に飛ばされてしまう。目を覚ましたレオニスの前に現れたのは、彼の探し求めてきた〈女神〉の姿だった。「――ようやく会えたね、レオニス」異国の隠れ里で、ロゼリアは語る。この世界の秘密、神々と虚無、そして〈魔王〉のことを――。そんな中、〈ヴォイド・ゴッド〉となった〈剣聖〉シャダルクが、人類最後の要塞への侵攻を開始しようとしていた――。

次元城の戦いでもう一人の〈不死者の魔王〉を破ったレオニスは、第十八小隊のメンバーと共に帰還の途についた。しかしその途上、世界を破滅に導く虚無の門――〈ヴォイド・ゴッド〉が出現し、侵攻を開始する。レオニスたち魔王は〈ヴォイド・ゴッド〉を破壊すべく、その根源たる〈剣聖〉シャダルクに決戦を挑む。一方、リーセリアは〈女神〉の魂を狙う〈大魔導師〉ディールーダと交戦。〈第〇七戦術都市〉では、侵攻してくる〈ヴォイド〉を迎え討つべく、咲耶、レギーナ、エルフィーネがそれぞれの戦いに赴くのだった。絶望的な状況の中、最後の要塞〈アルビオン〉が空に飛び立つ――！