とある魔術の禁書目録外伝　とある科学の超電磁砲（１３）

新年度を迎え、白井黒子ら新入生が常盤台中学へと入学してきた。その矢先、学園都市では常盤台中学と関係の深い要人や企業を狙い能力を使った事件が続発。常盤台中学の全生徒へ疑いの目が向けられ、御坂美琴と食蜂操祈も監視下に置かれてしまう。そんな中、風紀委員として事件の情報を集める白井黒子は、一七七支部のパソコンに残されていたあるメッセージに気が付き……。

常盤台中学で派閥抗争が起こるよう裏で糸を引いていたアンティキティラ社は、三大派閥の共同作戦により成敗され、学内には平和な時間が流れていた。しかし、支倉冷理や神苑小路瑠璃懸巣は、事件の一連の流れに何か引っかかるものを感じていた……。そんな折、食蜂操祈ら常盤台中学の生徒たちが芸術鑑賞の授業で訪れた劇場で事件が起こり!?

常盤台中学で三大派閥がしのぎを削るなか、水鏡派閥の生徒が襲われる事件が発生！　にわかに校内の緊張が高まり、小競り合いにまで発展する事態に。だが、各派閥の長はそれぞれ事件に釈然としない気持ちを抱えており……？　そして派閥争いの余波は、常盤台中学が抱える二人の超能力者（レベル５）、御坂美琴と食蜂操祈にも及んでいた――!! 常盤台中学の生徒全体を巻き込み「御坂美琴一年生編」、大波乱へ！

これは、御坂美琴が常盤台中学に通い始めた頃の話。学園都市屈指の名門であるこの学校では「常盤台の三大派閥」がしのぎを削っていた。奉仕精神にあふれる最大手の沙派閥、リーダーの「能力」目当てで人気を集める水鏡派閥、そして向上心に満ち美琴のルームメイトも所属しているという支倉派閥。派閥争いには興味を示さない美琴だったが、各派閥リーダーたる三人の先輩との出会い、そしていずれの派閥にも属さないながら一目置かれる自由人・神苑小路瑠璃懸巣との邂逅が、美琴の学園生活を大きく変えていき……!?

第二少年院を手中におさめ、初春を拉致した春暖嬉美たちの目的――それは初春に世界規模のネットワークを作らせ、学園都市が秘匿する「能力開発」の技術を全世界に開示するというものだった。
世界中を混乱に陥らせかねない嬉美の計画の裏には、かつて彼女らが経験したある暗い出来事が横たわっており……。

ひとまずは嬉美に従いつつも、脱出の策を模索する初春。彼女を助けるべく少年院に侵入した佐天。そして、救援に急ぐ美琴。
だが、美琴すら退ける「竜の力」を宿す嬉美に対抗する手だてはあるのか……!!?