修学旅行で忍者屋敷を訪れた高校生のイチは見学中に不思議なからくりに巻き込まれ、忍者の世界にタイムスリップしてしまう。仲間たちと共に、現代へ帰る手がかりである「忍法帖」を手に入れたイチは無事現代へ帰還する。しかし平穏な生活を送るイチの元に、突如あやめが現れ…!?

忍者の世界から現代にタイムスリップしてしまったくノ一あやめ。イチの元にやってきた理由はイチによって封印された忍法帖の綻び、つまり、忍法帖から漏れ出す忍術の源による現象なのだと云う。あやめに課せられた任務は『狙われた忍法帖の制御の仕方』と『過去へ帰る手段』。交尾をした相手に移るという、忍法帖を巡る争奪戦の行方は…!?

あやめに続きタイムスリップで現代へとやってきたクノイチ渚。転校生として学園に忍び込んだ渚は、あやめ、イチと再会。規律に厳しい風紀委員、鬼龍院運子に目をつけられつつもクノイチ八重の援護により、忍者同好会設立の許可を得た。一方、“タイムスリップ系アイドル”として活躍しつつ、過去へ戻るために孤軍奮闘中の小悪魔クノイチ小咲も自力でイチとの遭遇を果たし、妖艶な色仕掛けでイチに迫る――彼女の言う、忍法帖を移せる場所とは一体何処に？

イチ達一行は忍法帖を移すべく伊賀の“祠”を目指し、ある森に足を運ぶが、森の精霊（？）エロ杉が暴走。やがて女体を表す祠の“3つの穴”の存在を知り、忍法帖の移しを試みるが失敗。そして彼らは歴史考古学者でイチの父・久野九十九の元を訪ね“金の玉”の存在を知る。得体の知れぬ“金の玉”が閃光を放って指し示す、もう1つの“玉”の場所とは!?

“玉”を手に入れた八重は、忍法によって縮小化させたイチを引き連れ、導かれた森林で、クノイチ江梨奈に遭遇。江梨奈が体内に持つ“玉”と合わせて“玉”は2つに！　条件が揃い、早速、忍法帖を移すべく器への挿入を試みたイチ。ところがどういうわけだか、彼の肉体は本当の女のコになってしまった!!　現代にやってきたミオ先生も交え、事態はさらに複雑怪奇の様相に!?