日本の土着神である国津神（くにつかみ）と日本の支配を企む異邦神・天津神（あまつかみ）、神々の果てしなき闘争の中で、神殺しの力を持つスサノオの牙から選ばれた元裏高野退魔師・孔雀（くじゃく）が活躍する姿を描いた「孔雀王　退魔聖伝」の続編。少彦名（すくなひこな）とともに、残された五個のスサノオの牙を探す旅を続ける孔雀。しかし、彼らは謎の神・曲神（まがりがみ）に襲われて……!?

高校のプールに現れた曲神（まがりがみ）・底筒之男（そこつつのお）と戦っていた孔雀（くじゃく）は、スサノオの牙に導かれて新たな術を身に付ける。しかし、それを聞いた少彦名（すくなひこな）は、二度と牙とは話すなと注意する。一方、天津神の親玉・月読（つきよみ）により曲神にされてしまった国津神の少女が、孔雀の持つスサノオの牙を狙って……!?

神に仕える五眷属（けんぞく）の呪術で結界に閉じこめられた孔雀（くじゃく）は、スサノオの牙を狙う彼らと死闘を繰り広げていく。一方、孔雀と引き離された下照姫（したてるひめ）と少彦名（すくなひこな）は、眷属の飼い犬・犬人に襲われて、案山子の久延毘古（くえひこ）に助けられる。しかし、逃げ延びた犬人・地伏（じぶせ）が、天津神の月読（つきよみ）により曲神にされて……!?

四眷属との闘いで五感を失った孔雀に襲いかかる、スサノオの牙を喰って驚異的なパワーを身に付けた曲神。天津神の月読（つきよみ）の裏切りを知った大咬（おおかみ）は、満月の魔力を使って曲神と対決するが、破壊神スサノオが復活したかのような曲神の強さに圧倒されてしまう。そして、大咬に眷属の呪いを解かれて五感が戻った孔雀は、スサノオの化身となった曲神へ挑んでいくが……!?

孔雀（くじゃく）の双子の姉・朋子（ともこ）と黄海峰（こう・かいほう）の間に生まれた少年・明星（めいせい）を、神の御子にしようと現れた創造神・イザナギ。我が子を守ろうと闘う海峰は、イザナギより放たれた和邇神（わにがみ）に勝利するが、朋子とともに呪いをかけられてしまう。そんな両親を助けようとする明星は、イザナギの元へ行くことに……!?