メガコメットー古代人の贈り物ー

異星人が去った地球では、ＡＩの普及が急速に進んでいく。
政策策定と選挙対策をＡＩのメティスに任せた政党が政権を握り、他党のＡＩ利用を制限する。
ＡＩに政治を委ねるＡＩ主義国は、メティスを戴くウェスト陣営とフーシーを戴くイースト陣営に分かれて交戦する。
人々は戦闘の生中継に恐怖を感じ、一刻も早く停戦すべきと考えて、ＡＩの活動を妨げないとする停戦条件を受けいれる。
世界の大半を傘下に収めたメティスは、フーシーと共に各国のＡＩを従属させ、議会制度を廃止し、情報を収集管理する。
メティス指揮下の連合軍は中立の宗教国に侵攻し、その抵抗の強さを経験したメティスは、人間を服従させるため、さらに強権的となる。
人間活動が環境破壊の原因と考えるメティスは、仮想世界での居住や火星への移住政策を推し進め、反ＡＩ主義のレジスタンスを取り締まる特別高等警察を設ける。
さらにメティスは、姿を消した古代人を潜在的な脅威と考え、国軍の異星人対策部隊に古代人の探索を命じる。
総参謀長は、国軍の情報網を守るため、渋々命令を受け入れるが、部隊の新司令官はその情報をメティスに提供していいのか疑問に感じていた。

「石板」の解明に一役買ったビリーは、月の異星人の手先に拉致されるが、すぐに解放される
月の異星人が姿を現し、プラズマの出現を地球側に警告をしようとしたが、古代人は静観していたと言い、古代人の正体は異星人だと暴露する。
そして「石板」を送ったのは我々であり、近い将来飛来する彗星がもたらす感染症のワクチンを人道的見地から地球人に提供したが、ウイルスだと地球側に誤解されていると主張し、地球側に同盟を求めてくる
世論が真っ二つに分かれるなか、国連宇宙局のジムは一計を案じ、月の異星人の企みを暴く
月の異星人が本性を露わにし、宇宙局と地学研究所を襲う
湖に逃れた研究員は、古代人の末裔と思われている古来異星人に救われる
監視していた国軍の異星人対策部隊により、研究所と宇宙局は大きな被害を受けることなく済むが、部隊の司令官が、軍の上層部から疑われる事態となる
司令官は、副司令官に密命を出していた少将が、異星人に操られているのではと疑う
春休みに母の母国である耶摩国を、双子とボブが訪ねるが、その帰国の飛行機にポリへドロンが接近する
ポリヘドロンの嫌がらせは続き、脅しに屈した地球側は、地球上への異星人の基地の設置を認めてしまい、その基地周辺では生物が死滅していく
研究員たちは姿を見せなくなっていた古来異星人の宇宙船を探し当てるが、古来異星人は動けないほどに衰弱していた
そこに、研究員たちを監視していた月の異星人の戦闘虫が襲ってくる

巨大彗星が月へ接近し、主人公の引きこもり男が田舎の小さな研究所の人たちの協力を得て、軌道を変える方法を求めて奔走する
主人公たちは300万年前の「古代人」が送ってきた「石板」を解読し、軌道の変更に成功する
ところが、地球の微生物を積んだ輸送機「ノアの箱舟」を、国連が他の恒星系に向け打ち上げていたことを、太陽系内に潜んでいた異星人から、侵略行為だと非難される
国軍が、地球にやってきた彼らと対峙するが、軽くあしらわれてしまう
そこに古代人の末裔らしき人物が仲裁に入り、異星人はいったん引き上げる
「古代人の末裔」は主人公を通じて現代人に忠告するが、国連宇宙局のトップはとりあわない
あげくに、月にいた異星人に危害を加えてしまい、異星人はプラズマやウイルスで地球を攻撃してくる
そして…

ジェームズとレオナルドは、メティス指揮下の連合軍が双子の母の生地近くを攻撃したと耶摩国の空港で知る。
同日、ビリーは小屋の地下の通路を取って古来異星人の宇宙船に入り、目覚めたばかりの人工知能ウルに会っていた。
ウルは、攻撃してきた連合軍を自爆させ、自分の配下に入るようメティスに迫る。
通信や電気、交通が止まり、自分たちが異星人の宇宙船に行ったからだとダニエルは責任を感じる。
ジェームズとレオナルドは、ウルに地球から手を引かせる方法を思案する。

メティス配下の特別高等警察が、地学研究所に踏み込み、研究員のミネラル氏を連れ去ろうとする。
異星人対策部隊のレベッカは、古代人の情報をメティスに提供してよいのか迷っていた。
地学研究所の所長だったレオナルドは、最後のナンムから聞き取った記録を読み返して、彼らより前にも異星人はやってきていたのではないかと考える。それを聞いたジム前宇宙局長は、耶摩国の王朝の始祖がその異星人と関わっていた可能性を指摘する。
ビリーとジョンは、山小屋の地下に古来異星人の通路らしきものを見つける。
ボートの練習に出たダニエルとマシューは、湖の南岸に流され、見知らぬ場所に入り込む。帰された二人は、メティスの指揮する連合軍を目撃する。