新世代VRMMO『アストラルボーダー』のテストプレイヤーに選ばれた神崎玲人は、仲間達と力を合わせて最終ボスの魔神を倒した。戦いの中で仲間達は命を落としてしまったため、玲人は自分の生命を代償にして仲間達を復活させるスキルを使ったのだった。目を覚ますと、そこは現実の世界のように思われた。だがしかし、自分にはいないはずの妹がいるなど、玲人の知る現実とはまるで違う異世界だった。さらに、学校へ向かっている途中に魔物が出現!!　そして、魔物に襲われている人を助けようとしたとき、玲人はこの世界でもスキルが使えることに気づく――。

新世代VRMMO『アストラルボーダー』を攻略し、戻ってきた世界でも能力を持つ神崎玲人は、魔物の討伐隊の一員として勧誘される。しかし、世界を救うことなど考えもしてなかった玲人は、自分の現在置かれている状況に悩んでいた。そんな彼に、『アストラルボーダー』のβサーバーオープンのお知らせメールが届く――。妹のエアと、データの引継ぎがないβ版の『アストラルボーダー』に参加した怜人。新しいゲームでは使えないと思いながらも、持っていたスキルを使うと見事に発動する。そこで、怜人は前のゲームの世界との繋がりを信じ、あの世界に残っている仲間たちを探すために動き出す!!

学園の冒険科に入り、新入生として規格外の活躍を続けていく神崎玲人。デスゲームであった新世代VRMMO『アストラルボーダー』での経験は、現実にも出現するようになった魔物をものともしない力を彼に与えていた。そんな玲人は、そのゲームの世界から脱出できなかった仲間たちを救う手がかりを探す中、パートナーの雪理や恋詠たちとともに学園対抗の交流戦に出場することになる。　しかし、特異領域で行われる実戦さながらの試合中、想定外の事態が起こってしまう!!　突如として領域内に魔人が出現したのであった!!　そして、その魔人の目的は『神崎玲人を倒すこと』であり――。

学園対抗交流戦の最中、特異領域に突然現れた魔人。それはかつて玲人がデスゲームでパーティを組んだ仲間・イオリであった。ようやく再会できた喜び、しかし敵対しなければならない理不尽。辛くも勝利した玲人は、イオリを操っている何者かに憤りを覚える。はたしてイオリに襲撃された理由、『因子』とはいったいなんなのか。もし、それがイオリと玲人にあるのであれば、ソウマとミアの二人にもあるのかもしれない。微かな希望を持ちながら『旧アストラルボーダー』との関係性が見えてきたこの世界で、玲人は仲間たちと力を合わせ新たな敵に立ち向かう――。