人類コンソーシアムに突如届いた「敷島星系に文明あり」の報。発信源は、200年前の航路啓開船ノイエ・プラネットだった。報告を受けた出雲では、火伏礼二兵站監指揮のもと、バーキン大江少将を中心とする敷島方面艦隊の編組と機動要塞の建造が進んでいた。一方、ガイナス封鎖の要衝・奈落基地では、烏丸三樹夫司令官率いる調査チームがガイナスとの意思疎通の緒を探っていたが……。ミリタリーＳＦシリーズ第二部開幕！

新型ガイナス艦出現との報告を受け、回収した航路啓開船ノイエ・プラネットの情報解析を急ぐ巡洋艦ヤクモのブライアン五月司令官たちは、ついにガイナスが敷島星系由来であることを突き止めた。烏丸三樹夫司令官指揮下のガイナス拠点調査チームも、集合知性とその正体に迫り始める。時を同じくして、敷島星系のガス惑星・桜花の軌道上で謎の人工物が発見され、研究機材管理主任のキャラハン山田はその調査に赴くが……。

敷島星系にあるガス惑星・桜花の衛星美和には、ガイナスの始祖らしいゴート人が存在するらしい。だが巡洋艦ヤクモのブライアン司令官らは、美和の氷原で夥しい数のゴートの死体を発見する。これは何を意味するのか。一方、壱岐星系にてガイナスの集合知性と対峙する烏丸司令官らは、突如現れたガイナス巡洋艦との追跡戦を開始。しかしやがて出雲星系で、人類とガイナスの起源を根底から問い直す、ある遺物が発見される。

出雲星系で発見された播種船の減速装置と思われる遺物。その分析から、太古の人類は敷島星系を通過していたことが明らかになる。ジャック真田らはゴート文明の真実を明らかにすべく、敷島星系の衛星美和に存続しているらしい海中都市、および謎に包まれた惑星敷島の調査を急ぐ。いっぽう烏丸司令官は、ガイナスの集合知性の基盤に獣知性なる存在があることを喝破するが、その矢先、五賢帝が不穏な反応を示し始める……。

太古の敷島星系を通り過ぎたはずの、人類播種船の減速装置をめぐる謎。衛生美和の海中に存続するゴート文明末裔の奇妙な生態。惑星敷島の生態系を支配する大森林に隠された真実。そして、ガイナスの２つの拠点をめぐり、五賢帝の粛清という事実に直面した烏丸司令官が、ガイナスの思惑を喝破した瞬間、一隻の巡洋艦が惑星壱岐に対して恐るべき行動に出る。全９巻におよぶ傑作ミリタリー・ハードＳＦシリーズ、ついに完結！