秋。『全国高校生魔法学論文コンペティション』 の季節がやってきた。日頃の研究成果を魔法装置を使った 『実演』 でプレゼンテーションするこの催し物は、九校戦で成績が振るわなかった学校の雪辱戦とも言える。魔法学、魔法技能、先端魔法技術を披露する最高の舞台だった。　達也は、第一高校の代表・鈴音のサポートメンバーとして参加、その魔法技能を如何なく発揮していた。　時を同じくして、暗躍する組織の影があった。諜報員、同じ魔法科高校の生徒、『大陸』 から来た暗殺者……。　達也の類い希なる頭脳と能力と、その 『成果』 を狙い、コンペティションはその陰謀に巻き込まれる ──。　華麗なる司波兄妹の活躍に、刮目せよ。

横浜で催される 『全国高校生魔法学論文コンペティション』。この魔法科高校生徒達の晴れ舞台に、突如謎の武装集団が侵入した。彼らの正体は、『大陸』 からやってきた大亜連合軍の魔法師とその機動兵器群。目的のためには市民殺害も厭わない武装軍によって大混乱に陥る中、司波達也は生徒会メンバーと共に次の行動を模索する。　同時刻。コンペ会場に、最新鋭魔法技術武装集団、国防陸軍第一〇一旅団独立魔装大隊が現れる。驚く真由美や克人を尻目に、劣等生・達也は大隊より、戦場の最前線へと向かうよう 『上官からの命令』 を受ける。訝しむ魔法科生徒達の中、「お兄様。ご存分に」「征ってくる」　深雪との 『儀式』 を終えた達也は、ついに、恐るべき“禁断の力”を解放する。

今から三年前。司波深雪にとって、忘れられない 『出来事』 があった。それから、深雪は変わった。兄との関係も。兄に向ける、彼女の心も ──。　中学一年生の司波深雪は、自分の兄が苦手だった。一体何を考えているのか分からないから。家族でありながら使用人同然の扱いを受けているにもかかわらず……全く意に介さない。兄と目が合えば、深雪の口からは、不機嫌な声が出てしまう。　そんな妹に、『ガーディアン』 として完璧に付き従う兄。そこには一切の油断もミスも無い。そして、一切の 『感情』 も。　理不尽だとは分かっていても、深雪は兄に苛立ちをぶつけることしか出来なかった。自分の、ただの我が侭だと分かっていても。　今とは全く異なる、達也と深雪の関係と、その心の中 ──。三年前、沖縄で起きた 『出来事』 によって、二人の心と、その運命が、大きく変わっていく。

司波兄妹にとって波乱続きだった西暦二〇九五年もあと一月。　そしてこの十二月にも、彼らが通う魔法科高校に 『激動』 はやってきた──。　深雪のクラスメイトである北山雫が、USNA（北アメリカ大陸合衆国）に留学することになった。この時代、ハイレベルの魔法師は、遺伝子の流出＝軍事資源の流出を避ける為に、政府によって海外渡航を制限（禁止）されている。にもかかわらず許可された理由、それは 『交換留学』 だからだ。　アンジェリーナ＝クドウ＝シールズ。　雫がアメリカに渡り、入れ替わりで魔法科高校に入学したのは、金髪碧眼の留学生。 「司波深雪に劣らぬ美貌」 と称される美少女、通称リーナだった。　彼女を見た達也は、瞬時にその 『正体』 に気づく。　リーナの本当の姿、それは大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師 「十三使徒」 の一人、USNAの魔法師部隊 『スターズ』 総隊長、アンジー・シリウス少佐。　魔法科高校にやってきた米軍最強の魔法師という 『火の粉』 を、司波達也はどう振り払うのか ──。

西暦二〇九五年十二月。雫との『交換留学生』として、USNA（北アメリカ大陸合衆国）からリーナが魔法科高校にやってきた。達也は、彼女が大規模破壊兵器に匹敵する戦略級魔法師「十三使徒」の一人であることを瞬時に見抜く。そして、同じ時期に東京で発生した『吸血鬼』事件――魔法師の血液を抜き取る連続傷害事件との関わりを探るのだった。　『吸血鬼』事件の全容は次第に明らかになりつつあった。達也のヒントと幹比古の古式魔法によって、『吸血鬼』の正体が『パラサイト』と呼ばれる『魔性』であることを突き止める。　しかし、別次元から意図せず招かれたその『来訪者』は、ついに魔法科高校に襲来した。その『吸血鬼』の正体（宿主）は、意外な人物で――！