魔法が現実の技術となって、一世紀 ──。　新入生の季節。この 『魔法科高校』 にも、一組の血の繋がった兄妹が入学した。　兄は、ある欠陥を抱える劣等生（ウィード）。　妹は、全てが完全無欠な優等生（ブルーム）。　どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。二人がこのエリート校の門をくぐったときから、平穏だった学びの園で、波乱の日々が幕開いた。

どこか達観したような面持ちを見せる劣等生の兄と、彼に肉親以上の想いを抱える優等生の妹。一組の血の繋がった兄妹が、魔法科高校へ入学した。　成績優秀、才色兼備な妹・深雪が、主席入学生の慣例として魔法科高校の生徒会にスカウトされた。そして兄・達也も、とあるトラブルを払いのけた事件をきっかけに、違反行為を取り締まる風紀委員にスカウトされる。　劣等生《ウィード》にもかかわらず、風紀委員メンバーとなった達也。その活動中に、この学校を人知れず侵食する、謎の組織の存在を感じ取る。

七月中旬。『九校戦』 の季節。正式名称、『全国魔法科高校親善魔法競技大会』。そこでは毎年、全国から魔法科高校生たちが集い、熾烈な魔法勝負を繰り広げていた。　ここ第一高校でも、『九校戦』 の話題で持ちきり、校内は大いに沸き立っていた。　そして 『九校戦』 会場への出発当日。　類い希なる実力を持つ、将来の魔法師候補たちによる選手団が組織されていた。遠征メンバーには、『新人戦』 に参加する、一年生の主席生徒・司波深雪と、その兄・達也の姿もあった。競技に向け心を新たに意気込む深雪だが、一方で達也の表情は晴れず……。　『九校戦』 で勝敗を分かつには、選手の運動能力の他に、もう一つ重要なファクターがある。　それは、選手たちが持つCAD（術式補助演算機）の調整（チューニング）。　── 魔法の苦手な司波達也が、魔法の代わりに得意とする分野。　達也によって調整されたCADを手に、第一高校生徒による華麗なる圧勝劇、その幕が開く。

九校戦中盤の目玉、『新人戦』。　一年生のみで繰り広げられるこの競技は、第一高校の主席生徒・司波深雪の可憐かつ優雅な勝利を披露するステージでもあった。　兄である達也も、参加選手たちが使用するCAD（術式補助演算機）の技師としてチームに参加、妹の活躍する姿に頬を緩ませていた。　劣等生であるはずの達也が調整したCADによって、第一高校生徒の華麗なる圧勝劇が演じられる中、とあるアクシデントによって彼自身も九校戦の選手として参加する羽目になる。　魔法による直接戦闘競技 『モノリス・コード』 に出場することになった達也。対戦相手は、『クリムゾン・プリンス』 と呼ばれる第三高校一年生のエース・一条将輝だった。

今度の 『魔法科』 は特別編！ 達也と深雪の物語の裏で起こる、彼らの意外なエピソードが紐解かれる！　『夏の休日』 ── 達也に恋心を抱くほのかが気合いの一大決心。豪華なリゾート地で過ごす夜、達也を呼び出して……。　『友情と信頼とロリコン疑惑』 ── エリート魔法科生徒、一条将輝。友人・吉祥寺と共に過ごす彼のプライベートとは……？　『メモリーズ・オブ・ザ・サマー』 ── 達也と深雪が町にショッピングへと繰り出した。深雪は、まるでデートのようなこのシチュエーションに心躍らせていたが……。　ほか、三編を加えた全六編でお届け！