岡島緑郎は旭日重工の会社員。重要なディスクを、ボルネオ支社まで船で運ぶ役目を担っている。だがその途中、「ブラック・ラグーン」と名乗る4人組に襲われ、緑郎は人質に取られてしまった。ブラック・ラグーンは、クライアントからの注文を忠実にこなす裏社会の運び屋だ。旭日重工は、東南アジアへの非合法ルートを使って密貿易をしていて、クライアントは、自分たちもそれに一枚噛ませろと要求しているのだった。旭日重工は機密を守るため、ディスクも緑郎も海の藻屑にしてしまおうと、ブラック・ラグーンの乗る船に攻撃を始める…

第二次世界大戦末期、オランダ領インド沖に沈んだ、ドイツ海軍のVIIC型攻撃潜水艦U－234の中から、1枚の絵画を引き上げる仕事を請け負うことになったラグーン商会のメンバー。だが、海上で仕事に取り掛かったとたんに謎の調査船が現れ、TOW（対戦車用ミサイル）を打ち込んできた！！はたしてロックたちは無事にお宝を手にできるのか！？

街のマフィアの幹部を次々と惨殺していた犯人は、まだ幼い双子の男女だった！！部下をむごたらしく殺されたバラライカは、復讐を誓い、双子狩りを開始する。そんな中、当の少年たちは、依頼主であるイタリア系グループの事務所に襲撃をかけていた！！雇い主までも手にかける非情な双子の運命は…！？

イスラム過激派のテロ計画書をフィリピンのアメリカ軍基地へ運ぶラグーン号の面々。しかし、竹中とイブラハ率いるテロ集団に襲撃され、大激走のカーチェイスへ！レヴィは2挺拳銃で相手を派手に蹴散らすが、ロックは変な煙草を吸ってトランス状態に…！？

チャカにさらわれた雪緒を救出するため、レヴィや銀次と共にボウリング場へと急行するロック。その車中、いまだロックの肩入れする理由に納得していない銀次が事情を問うと、ロックは「彼女はこの世界にいていい人間じゃない」と答える。やがて車は目的地に辿り着き、ロックは裏口から、そしてレヴィと銀次は真正面から突入して…