老体にやさしいイブは高齢社会が生んだ。寝室から入れる電脳タウンのサービスは利便性を極め、表裏共に目覚ましい発展を遂げていた。平穏なリアルに寄り添うイブタウンの裏側にあるのは、京都に首都を置くサイバー都市のアダム。グレーな自由社会を邁進するアダムは基本無料で遊べる。ニートや引きこもりの寄る辺となり、リアルに戻らない者がいた。その出入り口でちらつく夜光虫が散見され、巷では「CITYが来る」と囁かれた。

あの日、俺はアダムの三条河原で消えた。リアルの東京で目覚めると、両親らしき男女が微笑んだ。０と１の羅列が脳裏を駆け上がり、記憶を痛撃する。後を追うように仲間が二人失踪した。俺のことを探しながらCITYについて聞き回っていたという。端末のアダムアプリが二人のオーバーステイを赤々と告げていた。俺は自分が消えた場所に向かい、どす黒いリンゴのアイコンを押した。

色違いのリアルと電脳が入り交じるアダムに、混沌の産声が上がった。体を遠方に置いたプレイヤーが街にあふれ、取り乱した絶望を猿が弄ぶ。都に幽閉された者をログアウトさせるべく、ルイードの宗たちはサイバーマシンを走らせた。アダムとイブで同時に何かが起きている。ある電脳都市から来た男は、「ゼロワンのコアがへそを曲げれば、人類始まって以来のサイバー戦争にもつれ込む」と忠告した。

消えた仲間の手がかりをつかんだ先に、奇怪な鳥居と思わぬ壁が立ちはだかる。世界のＡＩ社会を揺るがすサイバーテロに宗たちは巻き込まれていく。
日本の人口減少に反してアダムの人口は右肩上がりで増えていた。自然災害が発生すれば自宅プレイヤーが激増する。異常気象は梅雨を長引かせ、飽和人口を祝うように電子コインが空から降った。アダムの住人が「神」と呼ぶ創設者は、いったい何がしたいのか。つわものたちのギルドが都入りした夜、御所にそびえるアダムの塔が赤く滲んだ。

エルザはスリープ中に異世界を創る。
アダムの都を囲んだサイバーウォールの外側で思惑が動き始めた。都の中ではエージェントが非常事態を静観し、不気味な遠隔作用をもたらす者がいた。沈黙を保つキメラの輪、シティーゼロワンの阻止に奔走する第三勢力、ひぐらしのジギを雇った巨大組織に対抗すべく、連合を組んだ宗たちに奇妙な刺客が襲いかかる。
国貞のレンズに浮かぶ梵字はキリーク、ギルモア姉妹のフランジが四条河原で不穏な影を捉えていた。

ルイードの宗が「ヒル」と呼ぶ唇型のデバイスは、出身を不気味の沼と答えた。ＢＣハービーの創ったヒルを鎖骨で飼う宗に、キモンは興味を抱く。名無しの諜報員である田村と共に、巨大な鳥かごを調査する中、怪しい車両をキモンの食指が捉えた。猿の運転するサイバートラックは、都と大津を結ぶ三条通りを洛中へ向かっていた。
宗たち連合は忌小路に陣を構え、御所を取り囲む十一基の鳥居に偵察を送った。そこに招かれざる客が静かに姿を現す。