九校戦中盤の目玉、『新人戦』。　一年生のみで繰り広げられるこの競技は、第一高校の主席生徒・司波深雪の可憐かつ優雅な勝利を披露するステージでもあった。　兄である達也も、参加選手たちが使用するCAD（術式補助演算機）の技師としてチームに参加、妹の活躍する姿に頬を緩ませていた。　劣等生であるはずの達也が調整したCADによって、第一高校生徒の華麗なる圧勝劇が演じられる中、とあるアクシデントによって彼自身も九校戦の選手として参加する羽目になる。　魔法による直接戦闘競技 『モノリス・コード』 に出場することになった達也。対戦相手は、『クリムゾン・プリンス』 と呼ばれる第三高校一年生のエース・一条将輝だった。

今度の 『魔法科』 は特別編！ 達也と深雪の物語の裏で起こる、彼らの意外なエピソードが紐解かれる！　『夏の休日』 ── 達也に恋心を抱くほのかが気合いの一大決心。豪華なリゾート地で過ごす夜、達也を呼び出して……。　『友情と信頼とロリコン疑惑』 ── エリート魔法科生徒、一条将輝。友人・吉祥寺と共に過ごす彼のプライベートとは……？　『メモリーズ・オブ・ザ・サマー』 ── 達也と深雪が町にショッピングへと繰り出した。深雪は、まるでデートのようなこのシチュエーションに心躍らせていたが……。　ほか、三編を加えた全六編でお届け！

秋。『全国高校生魔法学論文コンペティション』 の季節がやってきた。日頃の研究成果を魔法装置を使った 『実演』 でプレゼンテーションするこの催し物は、九校戦で成績が振るわなかった学校の雪辱戦とも言える。魔法学、魔法技能、先端魔法技術を披露する最高の舞台だった。　達也は、第一高校の代表・鈴音のサポートメンバーとして参加、その魔法技能を如何なく発揮していた。　時を同じくして、暗躍する組織の影があった。諜報員、同じ魔法科高校の生徒、『大陸』 から来た暗殺者……。　達也の類い希なる頭脳と能力と、その 『成果』 を狙い、コンペティションはその陰謀に巻き込まれる ──。　華麗なる司波兄妹の活躍に、刮目せよ。