「強く……強くなってね！」亡き母親の言葉を文字通りとらえ、強さを求め続ける15歳の女子高生・フナコ。ある日、平凡な父との二人暮らしにうんざりしている彼女の家に、謎の下宿人・カトーが現れた。亡くなった名漁師のおじーちゃんに異常なまでに興味を示すカトーに不信感を抱くフナコ。そんな中、彼女の家に泥棒が入り、フナコは海上へと連れ去られてしまった……。こいつらって、カイゾク!?　血湧き肉躍る、現代海洋冒険ロマン！

海賊たちに攫（さら）われたフナコは、超人的な度胸と運動神経で海賊たちに一目置かれ、彼らが狙う宝物の話を聞き出した。海賊黄金時代――、海の盗賊どもが巨額の富を蓄えた“海賊銀行（バンク）”と呼ばれる島があった。その島は、現在もある理由から発見されず、100兆円とも言われる財宝は眠ったまま……。あまりにも現実離れした話ながら、平凡な毎日にうんざりしていたフナコの小さな胸は、張り裂けんばかりに高鳴り始める！　私も宝探しの旅に出る!!

「宝島のヒントは、祖父が書いた本の中にある」　カトーの言葉に、おじーちゃん・兆治郎（ちょうじろう）の著書を舐（な）めるように読むフナコ。そして、誕生日を明日に控えた彼女の元に届いたのは、兆治郎からの手紙だった！　謎かけのようなメッセージを頼りに、ついに兆治郎のプレゼントを見つけたフナコだが、その中に入っていた宝島への地図を、まんまとカトーに奪われてしまった！　地図を追い、フナコたちもついに大海原へ漕ぎ出す！

意気揚々と船出したフナコたちだったが、刻々と表情を変える海がフナコたちの船・宝進丸に襲い掛かる！　凶暴な大波！　闇を切り裂く落雷！　そして想像を超えた自然現象!!　果たしてフナコたちは、すべてを乗り越えて、カトーの船・暗黒船ファンタズマゴリア号に追いつくことができるのか!?　一方、一足先にパナマ海域を目指すカトーだが、海賊であること意外、素性はわからないまま。そんな闇に包まれた彼の過去が明らかになる！

海賊バンク海域を眼下にとらえたカトー。しかしその海域を抜けることは容易ではない！　海底火山、巨大なうず潮、船をも破壊する空気の塊――。人知を超えた自然の脅威が立ちはだかる。そして、その死の海域に主のように君臨する“トビミズチ”!!　カトーとトビミズチの関係は!?　そして、海賊バンクは、海賊たちの聖地・リバタリアなのか!?　ついに謎の島の正体が見えてきた。また、砦の塔を脱出したフナコたちは、カトーの後をひたすら追いかける!!