大噴火に見舞われたものの、何とかアフリカに上陸した一行。そこで出会うもの全てに好奇心を刺激されるプリニウスの心は穏やか。当地の総督ウェスパシアヌスと旧交を温めたのち、一行はラクダに乗って砂漠を旅する。一方の帝都ローマ。皇帝ネロは倦怠の日々のなか、心は荒むばかり。「君側の奸」ティゲリヌス、王妃ポッパエア、ユダヤの宝飾商、哲人セネカ……王宮には陰謀が渦巻き、それぞれの思惑が交錯する。波瀾の予兆にみちた第六巻！

突如巻き起こった業火に包まれたローマ。それは帝都の守護神・ユピテルの怒りか、それとも反皇帝陣営の陰謀か、異教徒の仕業か。大半が焼け跡と化した市街をよそに、新たな豪華宮殿の建設を目論むネロ。側近や民衆の心は急速に離れていく。一方、アフリカの砂漠を旅するプリニウス一行は、ピラミッドに到着。迷路やミイラ、ワニに翻弄されながらも窮地を脱する。ネロ暗殺計画も勃発し、風雲急を告げる帝都と皇帝の明日はどっちだ!?

文化都市アレクサンドリアに到着したプリニウスは、知と技の粋を尽した大灯台や図書館、発明品の数々に圧倒される。そこにセネカからの手紙が届き、再び地中海へ。クレタ島の迷宮では怪物と遭遇、ロドス島では海に沈んだ巨像の残骸が待ち受けていた。一方、大火後の混乱が続くローマでは、皇帝暗殺計画をめぐる粛清の嵐が吹き荒れていた。かけがえのない者を一挙に失ったネロは孤独の淵で、ついにプリニウスを召集するよう命じたのだが……。

ギリシアに到着したネロは、憧れの地で浮かれ狂う。しかし、またもや発覚した暗殺計画を知ると、奸臣の思惑どおり、古代ローマ随一の名将に非情な決断を下す。一方、ロドス島で捕縛されたプリニウス一行も、皇帝の待つコリントスへ。正気を失いつつあるネロは、ようやく再会したプリニウスに、自ら「太陽神」となる欲望を語る。その時、帝都ローマでは、流浪の果てに再び奴隷となった娼婦が……。ついに帝国崩壊のカウントダウンがスタート!?

ギリシアの地で、いまだ自ら神となる妄想に取り憑かれる皇帝ネロのもとに、続々と反乱軍蜂起の報が届く。側近の裏切り、過去の因縁がネロを窮地に追い込む。一方、地中海沿岸から東へと向かうプリニウス一行は、神話の森を抜けて、砂漠の都市・パルミュラへ。そこでは東西の多様な人々が交流し、寛容で豊かな文化をつくり上げていた。ローマに戻るも、元老院から「公共の敵」として認定されたネロは、当地を脱出――。ついに皇帝ネロ編が終幕！