安永五年、豊後岡藩の馬廻り役・神守幹次郎は、意に沿わぬ婚姻に苦しむ納戸頭の妻・汀女と出奔した。幼馴染の二人は妻仇討の追っ手を逃れ、当てのない流浪の旅に出る。やがて江戸に出た幹次郎たちは、幕府が唯一許しを与えた遊廓にして千金の町と謳われる吉原遊廓の前で、汀女の弟・信一郎の危難に出くわすのだが――。幹次郎と汀女、二人の伝説がここに始まる。

吉原が白無垢の衣装で彩られる八朔の日、当代きっての人気太夫・香瀬川が忽然と姿を消した。遊女三千人の頂点に立つ太夫が、すわ足抜？　前代未聞の事態に、廓の用心棒・神守幹次郎は探索に乗り出す。大門以外に出入り口のない町から、太夫はどうやって抜け出したのか？　失踪の陰に、私欲に溺れる悪党たちの姿が見え隠れるする。裏同心の成敗の行方やいかに。

天明六年、将軍家治の逝去により、老中・田沼意次が失脚、吉原遊廓は閉門停止となった。そんな折り、廓内でお針の女が殺され、用心棒・神守幹次郎は、現場に残された謎の石礫から意外な下手人に迫る。さらに、芸者衆を束ね監督する見番頭取が怪しい動きを見せ、大物による吉原乗っ取りの企みが明らかになる。やがて卑劣な魔の手は幹次郎の妻・汀女に伸びて――。

汀女の手習い塾に通う遊女に、偽の文を使って客から金子を詐取した疑いがかかる。汀女の観察眼は、ひとりの哀れな新造を探り当てるのだが……。一方、吉原面番所に新しく着任した同心・山崎蔵人が、突如四郎兵衛会所の閉鎖を命じ、吉原は窮地に陥る。裏同心の幹次郎らは、山崎同心のどす黒い過去と暗い欲望、幕閣のある人物とのつながりを知り、成敗へと向かう！

神守幹次郎と汀女が吉原会所に雇われ、一年余が過ぎた。弥生三月、吉原に桜が舞う季節、女たちの想いと生き様が廓を揺るがす。信じた男に裏切られた遊女、友の無念を晴らすため抜けた廓に舞い戻った女、金子のために命を散らす女。必死で生きる女たちを翻弄する悪党に裏同心と仲間たちは立ち向かう。花と咲き誇り、また枯れ落ちる吉原の女たちを秘剣で救えるか。