遠野叶多（かなた）は、幼なじみの真奈の家から奇妙な箱を見つける。箱の中には実際の人間が生活し、よく見るとそこは中世の日本らしき世界だった。好奇心で観察を続けるが、ある時、箱の中で少女が野盗に襲われているのを見てしまい、思わずその野盗を殺してしまう。動揺した叶多は真奈に相談するため彼女の家に向かう。だがそこで真奈の父親から思いもよらぬ事実を告げられる。「うちには真奈なんて娘はいないよ」と。

遠野叶多（かなた）は、幼なじみの真奈の家から奇妙な箱を見つける。箱の中には実際の人間が生活し、よく見るとそこは中世の日本らしき世界だった。ある時、叶多は箱の中で野盗に襲われている少女を救ってしまう。その結果、幼なじみの真奈が消え、新たに真樹という幼なじみが存在する世界が出現する。真奈は取り戻したい、でも真樹と過ごした時間も鮮明な記憶として蘇っていく。真奈か真樹か。叶多はどちらを選ぶのか。

五百年前の中世の日本に繋がる木箱。箱の中の世界に介入し、人間を殺めた叶多（かなた）と真樹。世界線が増殖し、並行世界を渡り歩く二人。在るべき世界はどこなのか。幼なじみの真奈のいる世界に、どうしても戻りたい叶多は、極限まで追い詰められ、再び神のごとく箱への干渉を始めてしまう。たとえ今の幼なじみ・真樹が消える事になったとしても…。

幼なじみの真奈の家から奇妙な箱を見つけた叶多。箱の中には中世日本が存在し、そこに干渉した結果、真奈が消え真樹という別の幼なじみが現れる。一度は真奈のいる世界を取り戻した叶多だったが、再び真樹のいる世界へと戻り、真樹と真奈の二人が同時に存在できる方法を模索する。真奈への思いを断ち切れない叶多に真樹は不信感を抱き、箱を強奪しようとする。もみ合ううちに二人は姿を消し、消えたあとには箱だけが残っていた。

５００年前へと繋がる箱に閉じ込められた真樹と叶多（かなた）。中世日本に置き去りにされた二人は、槌田家の家督争いに巻き込まれ互いに行方知れずに。真樹を探すため、この時代に残る決意を固めた叶多は現代にいる晴市と真奈に別れを告げる。一方、深手を負い、叶多のもとから姿を消していた真樹は、怪我を負わせた張本人・槌田宗近に発見されていた。電子限定！　完全描き下ろし！ 真樹のその後の物語、開幕!!