南海の離島・古志木島（こしきじま）。医療設備もままならないその島へ、東京の大学病院にいたという、何やらわけありの外科医・五島健助が船酔いに耐えながらやってきた。だが着任初日、診療所を訪れた患者はゼロ。看護婦の星野は「この島の人達は、本当に具合が悪かったら、本土の病院に船で6時間かけて行くんです。誰もこんなとこで診てもらいたくないですからね」と言う。なんだか気が抜けてしまった健介だが、その日の夜「タケヒロが大変だ」と、友達のクニオが血相を変えてやって来た。早速タケヒロの家に行った健介は、急性虫垂炎と診断。早急に手術をしないと、命が危ない。しかし島に来る医者を信用していないタケヒロの父親は、健介が手術することを拒否。船で本土の病院へ運ぶという。

古志木島に巽謙司という、雑誌「週間トポス」の記者がやってきた。巽には妹がいたが、3年前に交通事故で亡くなった。その時の担当医がコトーで、妹が死んだのは、彼が適切な治療をしなかったためだと巽は言う。コトーを許すことができない巽は、彼を医療界から追放しようとしているたのだった。コトーに反感を持つ漁労長・しげさんは、その話を聞き、早速彼を島から追い出そうとするが…。

古志木島の岬で難破船が発見された。海上保安庁に問い合わせたところ、日本国内で遭難した船の届出はないという。診療所にやってきた駐在は、怪しい人物を見かけたら通報するよう、みんなに告げた。その夜、診療所に3人の男が現れる。その中の1人は大ケガをしていた。ダイビングの際に水中銃で誤射した傷、とのことだったが、傷口を見たコトーは、それが拳銃によるものであることを見破る。応急手当をして、男を本土へ移送しようとしたところ、彼らは銃を取り出し、コトーと星野を拉致する。男たちは、密入国の手引きをする組織から金を奪って逃げてきた中国人だった。コトーはなんとかして星野を助け、この危機から逃れようとするが…！？

かつてコトーが在籍していた、東京の天津堂大学付属病院に、政治家の熊谷が入院してきた。彼は重度のガンで、普通なら既に手術も不可能な状態になっている。だが次期院長を狙う奥村は、手術を行うことに決めた。そして失敗した場合でも自分たちにリスクがないように、執刀はコトーに依頼する。一度は断ったコトーだが、奥村からの再三の要請に折れて東京へ。しかしそこには、患者のことよりも自分の出世と保身を考える奥村と、かつて自分が受けた屈辱を晴らそうと画策する後輩・三上の陰謀が待ち受けていた…

診療所に、古川という見慣れない老人がやって来た。彼は末期癌であることを自分でわかっていて、島に死ぬためにやってきたという。古川には、古志木島を死に場所に選んだ理由があった。それは、彼が41年前、この島の診療所の医者だったからだ。人生の出発点だった古志木島で、最後の時を過ごそうと、この島へやってきたのだった。コトーは彼の命をわずかでも延ばそうと、手術を試みるが…