独立国家「やまと」は米第3艦隊へ総攻撃を開始、壊滅的打撃をあたえる。搭載していた通常兵器を全て使い果たした「やまと」は、「核」の驚異と共に深海へ潜航していく。――国士の対等な会話は、最終兵器を突きつけあう事で成立する――「やまと」は世界に、その真実を見せつけようとしていた。一方、「やまと」との同盟締結を決意した日本政府は、事件の調停を国連安保理事会にゆだねた。「理想というものはたかだか一国の都合のみで阻まれるものではない」

独立国家「やまと」との同盟を決意した日本政府は、国連安保理事会において同盟案の承認をえるべく、各国大使に対して必死の説得を続ける。一方、米第3艦隊へ総攻撃で通常兵器を使い果たし“核”のみを搭載する「やまと」は、日本政府の要請に応じ大島沖に浮上。米原潜部隊が待ち伏せる東京湾に近づきつつあった。

独立戦闘国家「やまと」元首・海江田は単身東京に上陸。ついに日本政府と「やまと」は友好条約を締結させた。その直後、竹上総理は自衛隊と「やまと」の指揮権を、期限付きながら国連に委ねたいと発表する。一方、日本政府が「やまと」の補給・点検のため派遣した移動浮きドック「サザンクロス」は、米軍の制止を振り切り東京湾へ入港、懸命に「やまと」との接触を試みる。

独立国家となった原子力潜水艦「やまと」の補給・点検のため日本が開発した移動浮きドック「サザンクロス」は、懸命に「やまと」との接触を試みる。危険を顧みずに入渠（にゅうきょ）した「やまと」であったが、米原子力潜水艦にドックごと攻撃を受けてしまう。炎上する「サザンクロス」、ともに沈む「やまと」。しかし、奇跡の操鑑により「やまと」は脱出を試みる！

東京湾海底に沈んでいく、移動浮きドック「サザンクロス」からの脱出を図る「やまと」は、深町艦長が指揮する「たつなみ」の捨て身の援護を受け、北極海へ向かった。一方、日本では、「やまと」との同盟を独断した竹上総理の責任を焦点に、臨時国会が召集される。その壇上、竹上総理は「やまと」驚くべき声明を表明。竹上発言の是非をめぐり、党派入り乱れての激論が闘わされていた。