天上ウテナは、初恋の王子さまを探して鳳学園の中等部に転校してきた女の子。6歳の時、彼女は両親を亡くし、悲しさのあまり雨の中をさまよい川に落ちてしまう。その時彼女を助けてくれた不思議な男性は、バラを型取った指輪を残し再会を約束して消えた。命の恩人の男性に再会するため、ウテナは鳳学園に転校。ところがこの学園の生徒会は、「バラの刻印」という謎の掟に支配されていて…！？

バラの刻印の手紙に導かれ、鳳（おおとり）学園へ転校したウテナ。「バラの刻印」と呼ばれる掟に従って生徒会副会長・西園寺と決闘したウテナは見事勝利。勝利者に贈られる『バラの花嫁』と呼ばれる女生徒・アンシーと、革命の力を持つ『ディオスの剣』を手に入れた。だが、西園寺はアンシーを取り戻そうとウテナを急襲して…！？

「バラの刻印」と呼ばれる生徒会の掟に従って、次々に決闘を申し込まれるウテナ。なんとか勝利を収めたウテナだが、そんな時、生徒会長の冬牙（とうが）が、自分こそ「王子さま」だとウテナの前に名乗り出た。彼の言葉に心揺れるウテナ。一方、『バラの花嫁』のアンシーは、相変わらずウテナに服従するのみ。なんとか彼女と普通の友達になりたいウテナだが、彼女は心を開いてくれない。

決闘の最終勝利者となったウテナに、学園の理事長・鳳暁生が接近してきた。アンシーの兄である暁生こそが『世界の果て』であり、ディオスの力を得るためにウテナを利用しようとしているのだった。しかし、なにも知らないウテナは次第に暁生に恋心を抱いていく。暁生から「愛してる」と言われたウテナは、天空の城へ行く儀式をすることになってしまう。

暁生はアンシーの兄であり、『世界の果て』であった。そして、ウテナたちは、暁生がディオスの力を手に入れるための道具として利用されていたのだった。暁生を追ってアンシーと共に、天空の城に入るウテナたち。だが、そこにはディオスを倒し、世界を革命する力を手に入れた暁生がいた。初恋の王子さまをさがすウテナの運命は…！？