友人達によって、学校の倉庫に閉じ込められてしまった高校生・天宮晴輝と、そこに居合わせた少女・磯波きらら。ただのいたずらのはずが……、なぜか開かない扉。二人は三日に及ぶ苦闘の末、どうにか倉庫を脱出した。ところが、外の世界は一変。人を襲う“保菌者”によって、町は埋め尽くされていた!!

ある日、突如として変貌し、人を襲いだした者達。“保菌者”と呼ばれる彼らに噛まれると、原因不明の何かに感染して死ぬ。友達に襲われ、愛する者が死んでいく……。高校生・天宮晴輝は、友人達と共に安全地帯・川内地区を目指す。しかし、その道のりは大量の“保菌者”によって埋め尽くされていた……!!

人を襲う“保菌者”へと変貌した人々……。彼らに噛まれると、何かに感染し、確実に死ぬ。安全地帯である川内地区へと辿りついた高校生・天宮晴輝。ただ護られているだけでは、愛する者を護れない。晴輝は消防隊に特別に加入し、“保菌者”制圧作戦に参加することに。ところが、作戦中に不測の事態が発生し、晴輝達は命懸けの緊急作戦に突入する!!

“保菌者”の出現により、未曾有の混乱に陥った仙台。“保菌者”は巨大で異様な姿へと変貌し、人間の力を遥かに超えた怪力で再び人々を襲い始めた。市民を救うため消防士となった晴輝は、事態収拾の鍵を握る半沢教授の救出作戦に参加する。だが、そこで出会ったのは半沢教授と、悪女・榎並だった!!

圧倒的な力を誇る新型“保菌者”の出現により崩壊した避難所。謎の遠吠えにより、動きを止めた新型“保菌者”だったが、それは次なる大禍への凶兆だった。感染し、死んだ者達の傍で膨張し、爆発した新型“保菌者”。次の瞬間、感染者達が蘇り、なんと人々を襲いだした!!　少しずつ逃げ場を失っていく市民達。ただ生きることが、今は一番難しい……。