マスタートータスのマイクロスリケンを避け続けるニンジャスレイヤー。そのジリープアーなイクサにナラクが「ヌンチャクを取れ!」と語りかけた。聖なるヌンチャクを手に入れたニンジャスレイヤーの猛反撃が始まる!!

デスドレイン一味とのイクサに勝利したダークニンジャ、ザイバツにガンバルゾーの声が響き渡り、とあるキョートの片隅では、青年カタオキがニンジャ、シルバーキーとして覚醒する! そして舞台はキョート、ガイオン・シティからネオサイタマ、ネオカブキチョのニチョーム・ストリートに!　そこには街を密かに護るニンジャ、ネザークイーンがいた。その正体は……!?

ネオサイタマはネオカブキチョ、ニチョームストリートで繰り広げられるイクサ!　ニンジャスレイヤー、シルバーキー、ヤモト、ネザークイーンの四忍がプロセッサーを追い詰める。その時、レッドゴリラとアロンダイトが現れた!　その隙に逃げ出すプロセッサーをヤモトが追いかける。一方その場に残ったニンジャスレイヤーとネザークイーンは、レッドゴリラとアロンダイトとの決戦に臨む。その激しいイクサを傍観者めいて見ているニュービーニンジャ、シルバーキーだったが……。果たして勝利の天秤はどちらに傾くのか!? そして新章開幕!　冷酷非情なニンジャ、ダークドメイン、その恐るべきムシアナ・ジツにニンジャスレイヤーよ、如何に戦う!?

舞台はネオサイタマ、マルノウチ・スゴイタカイビル。そこで始まってしまったザイバツとアマクダリの2大ニンジャ組織の大イクサ!　クリスマスに賑わう街は、モータルの命が無惨に散るマッポーカリプスめいたジゴクと化してしまった。その地獄をさらなる業火で包むように、各々の組織のトップ、ダークドメインとフューネラルがまっこうから激突! 先制をとったのは…?

舞台はキョートへ。琵琶湖に沈みゆく男の影……。その影こそ他ならぬガンドーだった。水底に沈むガンドーの思考は入り乱れ、とある過去の事件へと流れていく。かつての助手、シキベ・タカコ、怪盗スズキ・キヨシ、その怪盗の捜索を依頼してきた正体不明の富豪……。この過去の事件がガンドーにもたらしたものとは?　何故、今、琵琶湖に沈みつつあるのか??　ガンドーの死はニンジャスレイヤーの復讐劇に如何なる影響をもたらすのか???