妻子の仇、ソウカイヤを壊滅、ネオサイタマを炎に埋めた男がキョート共和国、ガイオンシティに現れた!　もう一つの仇、ザイバツを根絶すべく、ニンジャスレイヤーの新たなイクサが始まる!! シリーズ累計150万部突破の大人気サイバーパンクニンジャ小説、その第二部を完璧コミカライズ!!

ニンジャスレイヤーの殺忍パレードの陰で探偵、タカギガンドーがザイバツの悪魔的所業を暴く!　さらにニンジャスレイヤーの宿敵、ダークニンジャも現れた!!　予測不可能なイクサの行方や如何に!?

宿敵、ダークニンジャとのイクサを痛み分けに終え、ザイバツの企みの手がかりを得たニンジャスレイヤー。だが次に彼が姿を現したのは、凶悪犯罪者ひしめく監獄だった!?　一方、ザイバツ・シャドーギルドでは、頂点の者共が謀略を巡らせていた!!　果たして!?

呪われた古戦場、セキバハラにそそり立つ十字架……。そこに磔にされているのはニンジャスレイヤーだった!　そのニンジャスレイヤーをザイバツ・グランドマスターのイグゾーションが責め立てる!!　真綿で首を絞めるような精神攻撃に、ニンジャスレイヤーが狂気に……!?

まだダークニンジャがフジオ・カタクラだったころ、彼はネオサイタマから遠く離れたエジプトのピラミッドを探索していた。そこで彼は巨大なニンジャのスフィンクス(!?)を発見してしまう!! ニンジャスレイヤーの宿敵、ダークニンジャの裏切りの業、全てはここから始まり、そして家系に掛けられた呪いにより運命づけられたことだった!! その呪い、因縁は遥かな過去、忘れられたニンジャ神話、真の歴史に繋がっていく……。ニンジャ大戦、カツ・ワンソー、ニンジャ六騎士とは??