1985年、ストリートキッズのボス、アッシュはニューヨークのロウアー・イースト・サイドで、胸を射たれて瀕死の男から薬物サンプルを受け取った。男は「バナナフィッシュに会え…」と言い遺して息を引き取る。ベトナム戦争で出征した際、麻薬にやられて正気を失ったままの兄グリフィンの面倒をみていた彼は、兄が時々つぶやく「バナナフィッシュ」と同じことばを聞き、興味を抱いた。殺された男を追っていたのは暗黒街のボス、ディノ・ゴルツィネ。アッシュは男と最後に接触した者としてディノに疑われる。雑誌の取材でアッシュと出会った、カメラマン助手の英二も巻き込んで事件は思わぬ展開を見せ…。

バナナフィッシュの謎を追い始めたアッシュは、暗黒街のボス、ディノ・ゴルツィネに逆らい、彼の部下マービンに捕えられてしまった。ひとり脱出した英二の通報により警察が駆けつけるが、その時アッシュを慕っていた子分のスキップが殺されてしまった。怒ったアッシュは警察の制止をふりきって、マービンを追いかけた。だが、ディノは素早く手を打っていた。追いかけて行った先にはマービンの射殺死体があり、アッシュは殺人犯として逮捕されるはめに陥った。未成年でありながら凶悪犯として刑務所に送られた彼は、そこでやはりバナナフィッシュの謎を追っているジャーナリスト、マックス・ロボと出会う…。

バナナフィッシュの謎を追うアッシュは、暗黒街のボス、ディノ・ゴルツィネの罠にかかり、殺人の罪を着せられて刑務所に入れられた。刑務所の中にはディノの命を受け、彼を狙う者たちが入り込んでいた。一方、面会に行った際にアッシュから密かに連絡を頼まれた英二は中華街で彼の友人のショーターと会い、アッシュの兄グリフィンのもとを訪れていた。グリフィンを預かっているドクター・メレディスは、アッシュが手に入れた薬物の分析も頼まれていた。その結果は、極端な自己破壊衝動を伴う強力な幻覚剤であるという。折しも、その頃ディノと対立する組織の者たちが自殺する事件が相次いで起こっていた…。

ディノに傷を負わせることはできたものの暗殺には失敗、アッシュも負傷してしまった。ディノを本気にさせてしまったため、ニューヨークにいることが危険になったアッシュたちはマックス・ロボの意見でアッシュの故郷、ケープ・コッドへと脱出した。アッシュの生家に身を寄せた一行は久しぶりにおだやかなひとときを過ごす。だが平和な時は長くは続かなかった。ディノの部下たちの襲撃を受け、アッシュの父親が負傷、義母は殺されてしまう。その頃、ニューヨークではディノと中華街のボス、李（リー）一族との間で取り引きが行われ…。

バナナフィッシュが薬物の名前であり、それを使った陰謀が進行中であることを知ったアッシュたち。しかし、ディノ・ゴルツィネはすでに手を打っていた。マックスの別れた妻ジェシカと息子のマイケルが襲撃されたのだ。アッシュはショーターに英二たちをまかせてマックスとともに救出に向かう。だがそれこそが敵の狙いだった。ディノはチャイニーズマフィアの李（リー）一族と手を結んでいた。そして中国人のショーターはアッシュを裏切ることを強要されていたのだ。李月龍（ユエルン）に自由を奪われ、ディノのもとへと連れさられる英二。企みに気づいたアッシュたちがあわてて戻ってきた時には…！？