菌が見える特殊能力を持つ、もやし（種麹）屋の次男坊、沢木惣右衛門直保。彼は東京の某農大に入学する。農大を舞台に、沢木と研究室その他の仲間達、そして菌が活躍したりしなかったりのキャンパスライフ。大学生活のモラトリアム感と、菌が満載の「もやしもん」。あなたもぜひ、かもされてみてください。カバーや本体表紙もきっちり収録！

【通常版の内容＋オールカラーの特典本のセット】もやしもんは、菌が肉眼で見える主人公・沢木直保とその仲間たちと菌とウイルスが農大で右往左往する物語です。物語は沢木たちがずっと準備していた日本酒造りに突入。限定版付録はもやしもんに登場した発酵食品を網羅したオールカラーの本！　これがあれば、何巻の何ページにどの発酵食品が登場したかすぐに探せます。作者・石川氏の描き下ろしも満載！

【通常版の内容＋絵本のセット】地ビールを売り込みに日吉酒店を訪れた加納に、なぜか武藤がムキになる。ビールを知るべく邁進する武藤は、ミス農大として持てるものをすべて利用し、あれよあれよという間に農大全体を巻き込みながら、ビールの祭典「オクトーバーフェスト」の開催を目指すことに。紙の限定版の表紙や描き下ろしおまけなども収録！　さらに限定版付録の絵本「オリゼーのおしごと」がついてきます！

【通常版の内容＋オールカラー「もやしぼん」のセット】全編が真冬のミスコン「ミス農大落とし」。付録は、もやしもんにまつわるイラスト、グッズ等をできうる限り網羅した、オールカラー136ｐの「本」。その名は「もやしぼん」。単行本ではモノクロになってしまったカラー絵や、石川氏インタビューも掲載。描き下ろしの取材旅行記もあります。「もやしぼん」、11巻限定版にもれなくついてきます！

【通常版の内容＋カレンダー＋13巻ネームのセット】春は新たな出会いの季節。樹ゼミの日本酒造りは佳境。そしてゼミの面々の1年間も大詰め。西野の受験の結果は？　酒造りはうまくいくのか？　そして主人公沢木の1年間はどんな結末を迎えるのか？　学生達と菌達がわちゃわちゃする、農大青春発酵菌漫画もやしもん、大団円の13巻！　最終巻限定版付録は、描き下ろし満載。「農大スクールカレンダー」「13巻ネーム＋α」の豪華2本立て！