かつて京で、幕府に背く長州藩らの不逞浪士を取り締まっていた武闘集団「新選組」。明治元年、今や長州・薩摩が官軍を名乗り新選組は賊軍と化していた。官軍に北へと追いつめられる中、新選組副長の土方歳三は、重病を患う友・沖田総司のもとを訪れる。はたしてその真意とは――！

明治元年。唯一無二の友・沖田総司の病を治すためフランスを目指す新選組副長・土方歳三は、薩長率いる官軍と交戦しながら北上を続ける。かつて京で不逞浪士を取り締まっていた新選組は、多くの恨みも買っていた。「池田屋の変」「油小路の変」を機に生涯を新選組への復讐に捧げた二人の男がまさにそれであった。一人は長州藩士・百村発蔵。もう一人は元新選組隊士にして御陵衛士の清原清。戊辰最大の激戦「白河口の戦い」にて復讐の狼煙が上がろうとしていた。

明治元年。唯一無二の友・沖田総司の病を治すためフランスを目指す新選組副長・土方歳三は、薩長率いる新政府軍と交戦しながら北上を続ける。劣勢を強いられる中、歳三は最新式のスペンサー銃を使いこなすため会津に山本八重を訪ねる。一方東京上野では、彰義隊と新政府軍が衝突。元新選組十番隊隊長の原田左之助も彰義隊士として奮戦。激戦の中、左之助は窮地に陥った上野寛永寺の貫主・輪王寺宮救出に向かう。この輪王寺宮こそ、新政府軍に対抗できるもう一つの錦の御旗だった。何としても輪王寺宮を土方のもとへ送るべく、左之助、最後の戦いが始まる！！

錦の御旗をたてに、官軍を名乗る薩摩長州率いる新政府軍。一方、賊軍の汚名を着せられた土方歳三率いる新選組や旧幕府軍は、北上する新政府軍を相手に東北各地で抗戦。そんな中、上野戦争後、会津へと逃れた寛永寺貫主にして皇族でもある輪王寺宮が「東武皇帝」を名乗る事を決意する。東武皇帝という新たな錦の御旗を得た旧幕府軍はもはや「賊軍」ではない、誰もがそう思っていた。しかし、東武皇帝を頂点とする東北王朝構想には重大な欠陥があった。その欠陥を正すため、市村鉄之助こと沖田総司は秋田へと急行。そこで待ち受けていたのは、薩摩最強の剣客・大山格之助だった。近藤勇が最も恐れいていた薩摩の剣術・薬丸自顕流を極めていた大山は、沖田を確実に窮地へと追いつめていく。

上野戦争後、東北へと逃れた上野寛永寺貫主・輪王寺宮は「東武皇帝」を名乗った。その目的は旧幕府軍に大義をもたらす東北王朝の実現だった。しかし、薩摩による内部切り崩しにあい、東北王朝は瓦解寸前に。さらに追い打ちをかけんと、薩摩の大久保利通は会津公暗殺を目論む。その陰謀をいち早く察知した土方は策を施し、会津藩主・松平喜徳暗殺を阻止。だが、大久保の真の狙いは別の所にあった。土方の上をいく大久保の知略。このまま勝負ありかと思われたその時、土方の前に衝撃隊隊長・細谷十太夫直英が現れる。