狼ミツに育てられた少年、野生命知狼（やお・いちろう）。その野生のカンを買われて、郷田コンツェルンの村雨列火・竜子親娘にファミコン戦士としてスカウトされる。狼との別れで東京行きをシブる命知狼に、郷田社長はミツを誘拐してファミコントーナメントへの出場を迫る。しかし郷田社長への復讐のため、命知狼は東京に残ってトーナメントに出場を決意する。その前門として、待ち受けていたのは、村雨の因縁のライバルでもあったファミプロNo.1の熊田剣吾の息子である熊田力也。命を捧げたミツの送った狼魂で力也を破った命知狼の前には、郷田ファミコン道場東京本部で鍛えられた特待生中のトップクラスである地獄の穴・四天王。その名も虎尾ゲン、鷲見ツトム、猿田ススム・カケル兄弟。ウルフと呼ばれるようになった命知狼と四天王は東京予選で激しい戦いを繰り広げる。

師匠の村雨親娘に連れられて、千葉県君ヶ浜で開催された「日本ファミコントーナメント千葉県代表選抜予選大会」を見学に来た野生命知郎。前夜の釣りで仲良くなった漁師の息子・逆叉ケンはトーナメントのライバルだった。ケンは網元の息子・地引漁太を破り、さらに鯨を銛で打つ祖父を持つ銛打鉄が立ちはだかる。彼はGFFC、剛田コンツェルンの指導員でもあった。激戦の末、千葉代表は命知郎の好敵手であるケンに決まる。この後、命知郎は白面金光九尾の狐に「栃木県代表の狐島陽子を誘拐したから助けに来い」との挑戦状を受け、那須岳に向かう。そこは剛田コンツェルン・地獄の穴栃木支部の幻の特訓場だった。陽子の妹である夕美とともに姉の救出に向かうが、そこは硫黄ガスの充満する危険な会場だった。さらに襲撃を撃退しながら、ゲームで九尾の狐と接戦を演じる。命知郎が狼魂と野生のカンを最大限に発揮した結果は、意外な結末が待っていた。

那須岳から野生命知郎に救出された狐島陽子は、ファミコントーナメント栃木県大会に出場。決勝の相手は那須で自分を幽閉した九尾の狐。その正体は白髪の少女・野干月子。実は彼女は陽子とは深い因縁があった。神奈川県大会では人気バンド「ザ・ニューサーファー」のスター・トビーこと美崎飛魚が勝ち抜いた。しかしなぜかトビーは命知郎を激しく敵視する。そしていよいよ後楽園球場で関東大会が始まった。命知郎の初戦はトビーだったが、睡眠薬の入ったジュースを飲まされた命知郎は窮地に陥る。いずれも剛田コンツェルンの差し金だった。

ファミコントーナメント関東大会も準々決勝を迎えた。地獄の穴から八丈字島で復活した熊田力也が千葉の漁師・逆叉ケンを一瞬で破り、僧・道元禅宗が栃木県代表・狐島陽子を心眼ワープで下し、天才・東大山学は新体操のホープ・蝶舞狐によるハイレグカットの色気でダウン。ここから「悪魔城ドラキュラ」で準決勝。道元禅宗と熊田力也の闘いは、熊田力也のグリズリーパワーに焦った道元禅宗が邪念で敗退。蝶舞狐はフェロモンや催眠術で野生命知狼を幻惑するが、母狼ミツの魂の呼びかけで野生命知狼は「変幻ウルフアタック」にパワーアップ。蝶舞狐は権田コンツェルン総帥・権田剛造の娘で、最後の最後まで闘う方法に口を出してくる父親への反発から、勝利目前で闘いを放棄してしまう。こうして決勝は熊田力也と野生命知狼の宿命の対決となった。熊田力也のグリズリーパワーと野生命知狼の狼魂の激突となった。「リンクの冒険」の難題の前に苦戦する二人。

ファミコントーナメントも富士山の裾野で全国大会を迎え、いよいよ初単行本化の第２部がスタート。全国から８人の地区代表選手が集まり、総当たり戦を迎えた。北海道からは怪力の戸堂力(15歳)、東北からは居合斬りの達人・伊達政宗(15歳)、中部からは忍者の子孫・飛騨忍(12歳)、近畿からは動物と話せる三千院琴美(14歳)、中国四国からは妖術使いの出雲トキ(16歳)、九州からは天草四郎、沖縄からは拳法の達人・金城広達(14歳)。しかしここで悪の組織U・H・H（ウルトラ・ヘル・ホール）が本格的に牙を剥く。世界征服のネックとなった野生命知狼を倒すため、U・H・Hの真の主役であるレーヴェが登場。会場を富士山爆発の恐怖に陥れる。果たして野生命知狼はレーヴェから人類を救うことができるのか。