極限まで発達したインターネット世界。かつて、そこは『超構造体』に内蔵されたシステム（BIOS）上で起動する『統治局』（OS）が、正規アクセスする人間の要望を完璧に叶えていた理想世界だった。だが、破局が起こり人々はアクセス権を失い、『セーフガード』（ウイルスチェッカー）が容赦なく『駆除系』で不正規アクセス者を排除する、危険な世界へと変容してしまう。探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪し、『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める。

極限まで発達したインターネット世界。世界は高度に発達したネットワーク（ソフトウェア）と、それを支え、現実世界に反映する超構造体（ハードウェア）によって構成されている。テクノロジーの恩恵を受けて繁栄した人類であるが、災厄によりネットワークにアクセスする資格と能力（市民権と同義）を失ってしまう。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求める探索者・霧亥（キリイ）は『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪する――。

極限まで発達したインターネット世界。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求め、『統治局』への再アクセスを可能にするために何千フロアも超構造体を放浪する探索者・霧亥（キリイ）。かつて生電社の主任科学者を務め、ネット端末遺伝子合成実験の失敗の責任を問われて生電社の地下に幽閉されていた女性・シボを救出した霧亥は、彼女と行動を共にする――。

極限まで発達したインターネット世界。 『感染前』の『ネット端末遺伝子』を求め、『統治局』への再アクセスを可能にするために、何千フロアも超構造体を放浪する探索者・霧亥（キリイ）。生電社の地下に幽閉されていた所を霧亥に救われ、行動をともにしていた女性・シボは、セーフガードとの戦闘中に基底現実から予備電子界へ来てしまう。そして、明かされてゆく霧亥の謎……。

第９空洞に出てしまった霧亥(キリイ)とシボは、メンサーブに会うべく第８空洞へと戻っていく。その途中で出会った珪素(けいそ)生物から、隠された人間を捜すためにメンサーブを追い詰めているという情報を聞いた霧亥たちはメンサーブのもとへ。しかしメンサーブは転送を開始し、それに巻き込まれた霧亥は異次元へ飛ばされ、シボと離ればなれになってしまった……!!