“神通力”を持つ人間を「ヒミコ」、そして国家資格を得たヒミコを「神さま」と呼ぶ現代。祖母亡き今、ナギの実家の陽美谷神社がある町は神さま不在で困っていた。能力を引き継ぎ「ヒミコ」である双子の兄・たけるは引きこもり。神社を何とかするには自分が頑張るしかない！と思っていた矢先、町の子供が神隠しに遭ったという噂を耳にして…？スピリチュアルスクールドラマ、ここに堂々開幕――!!

神さま学校に入学することになったナギは、サバイバル演習という難題にいきなりぶつかる。皆が神通力を用いて助け合う中、まだ能力の分からない自分は役立たず。せめて皆を労いたいと一人で食料を探しまわっていた時、禊中の神さま・月読命と出くわしたナギは…？そして、演習中に最大のピンチが訪れる！悪戯なトータに神通力を使って欲しいのだが、それをかたくなに拒む彼の隠された本音とは――…？超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、絆深まる第２巻！

サバイバル演習も無事終わったかと思いきや、中間テストというピンチがナギにふりかかる！成績優秀なトータに教えを乞うナギの持っていたたける人形に邪気を感じ取った彼が頭を引きちぎってしまう…！なんと「呪い人形」だった<たける人形>が襲いかかってきて…!?「真実を確かめなさい」超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、衝撃の謎が明かされる第３巻！

神通力別に師事する講師を決めなければならないが、まだ能力が判明していないために困るナギ。師事したい生徒に追い掛け回されて同じく困っているツクヨミとホシノに「ツクヨミの生徒になってみないか？」と持ち掛けられたナギだが…!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、謎多き月読命にせまる第４巻！

いよいよ体育祭がスタート！能力不明のため、神通力別の競技に参加できないナギ。ナギから何かを感じ取ったツクヨミに深夜の校庭に突然呼び出されたり、不思議な優等生が接触してきたり、体育祭ゲストの変な（？）神さまも絡んできたり、ナギの周りは大混乱――!?超能力×学園×友情×恋愛×陰謀!?スピリチュアルスクールドラマ、陰謀渦巻く第５巻！