西暦二×××年、世界中の偉人のクローンたちが通うセントクレイオ学園で、唯一の非クローンである神矢は「音楽の勉強がしたい」と願うマリ・キュリーのことを、学園の教師である父に相談。だがその直後、マリは「転校する」との言葉を残し学園を去ってしまった。一方、学園の先輩“クローン・ケネディ”が衆人環視のもと暗殺されて…

セントクレイオ学園の“学術研究発表会”に合わせて、クローンを皆殺しにしようとする暗殺集団が、秘かにその準備を進めつつあった。そのころ神矢は、モーツァルトの首吊り事件に心を痛めていたが、“ドリー様”のおかげで一命をとりとめたというヒトラーの言葉に安堵する。“ドリー様”はクローンたちのお守りとしてどんどん広まっていくが…？

マリ・キュリーと呼ばれる少女と、史良によく似た男・カイに出会い、困惑する史良。学園のOBであるカイも何者かのクローンであることを明かされ、自分自身もクローンである可能性の出てきた史良は、自分の存在意義について悩み始める。一方、その場に居合わせたフロイトも、史良とカイの関係性について考え出して…

世界中の偉人のクローンのみが通うセントクレイオ学園において、
唯一の非クローンである神矢史良。その学園の一大行事である「学
術研究発表会」が、謎のテロリスト達によって襲撃された。テロリ
スト達の正体は…なんと学園の卒業生、つまり偉人のクローンだっ
た。さらに、その中には史良と良く似た顔を持つ男が3
人！？史良に似た男の一人によって磔にされたジャンヌ・ダ
ルク…その運命は？史良は、ナポレオンはジャンヌを救うことが
出来るのか！？謎が謎を呼ぶ、新感覚学園ファンタジー！！

偉人クローン達が通うセントクレイオ学園を襲撃した集団のひとりであり、見た目が史良に酷似した男＝カイ。そのカイが、自らの青春時代…つまり、前世代クローン達の学園生活を語り始めた。それは、今の学園とほとんど変わらぬ平和な日々。しかし、カイの前にもう一人のカイが現れてから、人間関係に微妙な亀裂が走り始める。そんな中で行われた学術研究発表会。それは、紛う事無く「クローン達のオークション」であった。ヒトラーを始めとして、それぞれ「買い手」が見つかり卒業してゆく生徒達。そして、学園に残されたカイ達を待っていた過酷な運命とは…？